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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
04/07/2018 |
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Data da última atualização: |
12/04/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; CARBONETTO, P.; STEPHENS, M.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
Luis Felipe Ventorim Ferrão, ESALQ; Romário Gava Ferrão, Incaper; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Aymbiré Francisco Almeida da Fonseca, Incaper/Embrapa Café; Peter Carbonetto, Research Computing Center, University of Chicago; Matthew Stephens, Research Computing Center, University of Chicago; Antonio Augusto Franco Garcia, ESALQ. |
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Título: |
Accurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Heredity, june 2018. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Genomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee. MenosGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cafe conilon. |
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Thesaurus NAL: |
Coffea canephora; Genomic. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/item/4674/1/s41437-018-0105-y.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
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Origem |
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Registro |
Volume |
Status |
Fechar
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| Registros recuperados : 49 | |
| 6. |  | MILHEIROS, I. S.; SILVA, U. R.; SENRA, J. F. de B.; SILVA, J. A. da; ESPOSTI, M. D. Avaliação do índice de vegetação por diferença normalizada e índice SPAD em jardim clonal superadensado de Coffea Canephora. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 1. , Vitória, ES. Avaliação do índice de vegetação por diferença normalizada e índice SPAD em jardim clonal superadensado de Coffea Canephora. Editores, Andre Guarçoni Martins ... [et al]., Vitória, ES : Incaper, 2022. Anais... Vitória, ES : Incaper, p. 25, 2022.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 7. | | SOUZA, G. S. de.; LANI, J. A.; INFANTINI, M. B.; KROHLING, C. A.; SENRA, J. F. de B. Comportamento de clones em diferentes velocidades da máquina na colheita de café conilon. In: CONGRESSO CAPIXABA DE PESQUISA AGROPECUÁRIA, 1., Vitória, ES. Anais 2021 : congresso capixaba de pesquisa agropecuária [recurso eletrônico]. Vitória, ES: Incaper, 2021. color. PDF ; 25,4 MB. E-book, no formato PDF. (Incaper, Documentos, 289). Pedro Luís Pereira Teixeira de Carvalho, Carlos Henrique Rodrigues de Oliveira, José Aires Ventura, Marcos Vinicius Winckler Caldeira e Romário Gava Ferrão, editores. p. 110| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 9. | | SENRA, J. F. de B.; SOUZA, G. S. de.; KROHLING, C. A.; SILVA, M. W. da; MENDONÇA, R. F. de. Seleção de clones de café conilon para a colheita mecanizada. In: CONGRESSO CAPIXABA DE PESQUISA AGROPECUÁRIA, 1., Vitória, ES. Anais 2021 : congresso capixaba de pesquisa agropecuária [recurso eletrônico]. Vitória, ES: Incaper, 2021. color. PDF ; 25,4 MB. E-book, no formato PDF. (Incaper, Documentos, 289). Pedro Luís Pereira Teixeira de Carvalho, Carlos Henrique Rodrigues de Oliveira, José Aires Ventura, Marcos Vinicius Winckler Caldeira e Romário Gava Ferrão, editores. p.108| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 10. | | SENRA, J. F. de B.; RANGEL, C. C.; MENDONÇA. R. F. de; TRINTIM, F. B.; COSTALONGA, M. M. de A.; PULZ, M. S. Avaliação fenotípica dos clones de cafeeiro Conilon variedade Vitória Incaper ES 8142. In: ENCONTRO LATINO-AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 23.; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE PÓS GRADUAÇÃO, 19.; ENCONTRO NACIONAL DE INICIAÇÃO À DOCÊNCIA, 9., 2018, Urbanova. O local frente ao global: pesquisa, ciência e os povos indígenas do Brasil . São José dos Campos: UNIVAP, 2019.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 11. | | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; FONSECA, A. F. A. da.; COMÉRIO, M.; SENRA, J. F. de B. Comportamento e a variabilidade genética entre clones de café conilon em ambientes representativos e não irrigados do Espírito Santo. Multi-Science Research v. 5, n. 2, p. 6-21, 2022. Título em inglês: Behavior and genetic variability among conilon coffee clones in representative and non-irrigated environments of Espírito Santo.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 13. | | SILVA, J. A. da S.; SENRA, J. F. de B.; SILVA, F. G. da; MILHEIROS, I. S.; VEIGA, J. C. da S.; ESPOSTI, M. D. Desempenho inicial de genótipos de Café Conilon cultivados em condições contrastantes de altitude. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 1. , Vitória, ES. Desempenho inicial de genótipos de Café Conilon cultivados em condições contrastantes de altitude. Editores, Andre Guarçoni Martins ... [et al]., Vitória, ES : Incaper, 2022. Anais... Vitória, ES : Incaper, p. 26, 2022.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 14. | | ALVES, F. de L.; ARANTES, L. de O.; DOUSSEAU, S.; GUIMARÃES, M. A. P.; SENRA, J. F. de B.; ESPOSTI, M. D. Diversificação de cultivares de laranjas e de porta-enxertos para plantio sobre os ?solos de tabuleiro? da região norte do ES. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 3. , Vitória, ES. Diversificação de cultivares de laranjas e de porta-enxertos para plantio sobre os ?solos de tabuleiro? da região norte do ES. Editores, Andréa Ferreira da Costa, Marlon Dutra Degli Esposti e Renato Corrêa Taques. Vitória, ES : Incaper, p. 39, 2024. p. 39| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 15. | | ALVES, F. de L.; ARANTES, L. de O.; DOUSSEAU, S.; GUIMARÃES, M. A. P.; SENRA, J. F. de B.; ESPOSTI, M. D. Diversificação de cultivares de laranjas e de porta-enxertos para plantio sobre os 'solos de tabuleiro' da região norte do ES. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 3. , Vitória, ES. Diversificação de cultivares de laranjas e de porta-enxertos para plantio sobre os 'solos de tabuleiro' da região norte do ES. Editores, Andréa Ferreira da Costa, Marlon Dutra Degli Esposti e Renato Corrêa Taques. Vitória, ES : Incaper, p. 39, 2024. P. 39| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 16. | | ZACARIAS, A. J.; ESPOSTI, M. D.; SENRA, J. F. de B.; RAIMUNDO, E. G.; CONCEICAO, A. O. da; MILHEIROS, I. S.; SILVA, U. R. Crescimento de porta-enxerto de pinheira (Annona squamosa L.) em recipientes adubados com ureia. In: ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIACAO CIENTIFICA, 26.; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE POS GRADUACAO, 22., 2023, Sao Jose dos Campos, SP. Ciencias basicas e o desenvolvimento sustentavel: a interface dos saberes para a sociedade . Sao Jose dos Campos: UNIVAP, 2022.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 17. | | SENRA, J. F. de B.; SILVA, A. da; ESPOSTI, M. D.; MILHEIROS, I. S.; VEIGA, J. C. da. S.; SILVA, F. G. da Modelagem do desenvolvimento dos frutos de Café Conilon por regressões não lineares. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 1. , Vitória, ES. Modelagem do desenvolvimento dos frutos de Café Conilon por regressões não lineares. Editores, Andre Guarçoni Martins ... [et al]., Vitória, ES : Incaper, 2022. Anais... Vitória, ES : Incaper, p. 23, 2022.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 18. | | SENRA, J. F. de B.; SOUZA, G. S. de.; KROHLING, C. A.; SILVA, M. W. da; MENDONÇA,R. F. de; APOSTÓLICO, M. A. Seleção de clones de Coffea canephora para o processo de colheita mecanizada no Norte do Espírito Santo. Revista Ifes Ciência, v.6, n.3, p. 45-48, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 19. | | SENRA, J. F. de B.; ESPOSTI, M. D.; MILHEIROS, I. S.; SILVA, V. A. C.; MARQUES, L. B.; RAMOS, I. B. Seleção de genótipos coffea canephora para sistemas agroflorestais e consorciados. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 3. , Vitória, ES. Seleção de genótipos coffea canephora para sistemas agroflorestais e consorciados. Editores, Andréa Ferreira da Costa, Marlon Dutra Degli Esposti e Renato Corrêa Taques. Vitória, ES : Incaper, p. 49, 2024. p. 49| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 20. | | SENRA, J. F. de B.; SILVA, V. A. C.; ESPOSTI, M. D.; MILHEIROS, I. S.; RAMOS, I. B.; MARQUES, L. B. Seleção de genótipos coffea canephora da variedade ?es-8152? com épocas de maturação diferenciada. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 3. , Vitória, ES. Seleção de genótipos coffea canephora da variedade ?es-8152? com épocas de maturação diferenciada. Editores, Andréa Ferreira da Costa, Marlon Dutra Degli Esposti e Renato Corrêa Taques. Vitória, ES : Incaper, p. 48, 2024. p. 48| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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