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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
Data corrente: |
24/06/2019 |
Data da última atualização: |
24/06/2019 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
PERON, F. N.; CALLONI, R.; VENTURA, J. A.; FERNANDES, P. M. B. |
Afiliação: |
UFES; UFGRS; Jose Aires Ventura, Incaper; UFES. |
Título: |
Bioinformatics approach to the study of the molecular behaviour of mealybug wilt of pineapple. |
Ano de publicação: |
2019 |
Fonte/Imprenta: |
Acta Horticulturae, 1239, p. 177-184, 2019. |
DOI: |
10.17660/ActaHortic.2019.1239.22 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Mealybug wilt of pineapple (MWP) is a disease caused by the Pineapple mealybug wilt-associated virus (PMWaV) complex transmitted by Dysmicoccus brevipes and D. neobrevipes. MWP symptoms are characterized by root dessication, leaf wilting and consequent failure to produce a fruit. The molecular mechanisms involved in the pineapple-PMWaV interaction for MWP symptomatology are still unclear. In this work, mRNAs of asymptomatic and symptomatic pineapple plants were evaluated using Illumina RNA sequencing technology. From a total of 79 million reads per sample, 16,097 genes were identified using STAR aligner and HTseq for paired-end files. Differentially expressed genes (DEGs) between the evaluated groups were estimated using DESeq2 and edgeR, with an FDR cutoff of ≤0.05. A total of 207 DEGs were detected, with 61 upregulated and 146 downregulated in symptomatic plants infected by PMWaV-2. The methodologies improved by the assays presented in this article and the detected DEGs can substantiate further researches with pineapple and the MWP disease. |
Palavras-Chave: |
Abacaxi. |
Thesaurus NAL: |
Bioinformatics; DESeq2; EdgeR; Pineapple; PMWaV; STAR; Transcriptomic. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
Marc: |
LEADER 01796naa a2200265 a 4500 001 1021431 005 2019-06-24 008 2019 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.17660/ActaHortic.2019.1239.22$2DOI 100 1 $aPERON, F. N. 245 $aBioinformatics approach to the study of the molecular behaviour of mealybug wilt of pineapple.$h[electronic resource] 260 $c2019 520 $aMealybug wilt of pineapple (MWP) is a disease caused by the Pineapple mealybug wilt-associated virus (PMWaV) complex transmitted by Dysmicoccus brevipes and D. neobrevipes. MWP symptoms are characterized by root dessication, leaf wilting and consequent failure to produce a fruit. The molecular mechanisms involved in the pineapple-PMWaV interaction for MWP symptomatology are still unclear. In this work, mRNAs of asymptomatic and symptomatic pineapple plants were evaluated using Illumina RNA sequencing technology. From a total of 79 million reads per sample, 16,097 genes were identified using STAR aligner and HTseq for paired-end files. Differentially expressed genes (DEGs) between the evaluated groups were estimated using DESeq2 and edgeR, with an FDR cutoff of ≤0.05. A total of 207 DEGs were detected, with 61 upregulated and 146 downregulated in symptomatic plants infected by PMWaV-2. The methodologies improved by the assays presented in this article and the detected DEGs can substantiate further researches with pineapple and the MWP disease. 650 $aBioinformatics 650 $aDESeq2 650 $aEdgeR 650 $aPineapple 650 $aPMWaV 650 $aSTAR 650 $aTranscriptomic 653 $aAbacaxi 700 1 $aCALLONI, R. 700 1 $aVENTURA, J. A. 700 1 $aFERNANDES, P. M. B. 773 $tActa Horticulturae, 1239, p. 177-184, 2019.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
Fechar
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Registros recuperados : 177 | |
162. | | MELLO, B. L. B de.; CAETANO, L. C. S.; PACHECO, B. M.; LEONEL, F. de P.; FERNANDES, A. M.; VENTURA, J. A.; ESPOSTI, M. D.; FIGUEIREDO, M. R. P.; GONÇALVES, S. S. M.; VINHA, M. B. Silagem dos subprodutos do abacaxizeiro : alternativa para alimentação de bovinos. Vitória, ES: Incaper, 2020. (Incaper. Documentos, 273).Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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167. | | COSTA, A. de F. S. da.; COSTA, A. N. da.; SPAGGIARI, C. A. S.; TEIXEIRA, C. P.; ABIKO, C. M.; SILVA, D. N. da.; SILVA, D. J.; ALVES, F. L.; FERREGUETTI, G. A.; PEIXOTO, H. L.; GOMES, J. A.; CHIABAI, R. E.; AUGUSTO, S. G. Frutíferas. In: PREZOTTI, L. C.; GOMES, J. A.; DADALTO, G. G.; OLIVEIRA, J. A. (Ed.). Manual de recomendação de calagem e adubação para o Estado do Espírito Santo : 5ª aproximação. Vitória, ES : SEEA; Incaper; CEDAGRO, 2007 . p. 119-Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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170. | | COSTA, A. N. da.; COSTA, A. de F. S. da.; FULLIN, E. A. Frutíferas. In: DADALTO, G. G.; FULLIN, E. A. (Ed.). Manual de recomendação de calagem e adubação para o Estado do Espírito Santo : 4ª aproximação. Vitória, ES : SEEA; Incaper, 2001. p. 126-169Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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172. | | Mapas ACARES. Vitória, ES : ACARES, [19-].Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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175. | | BAYS, I. A.; ROSTON, A. J.; NACIF, A. de P.; ROSITO, C.; DE SÁ, D. F.; BALMER, E.; RODRIGUES, L.; FUZATTO, M. G.; NAKISHIMA, N. (Coord.). Avaliação técnico-institucional da Empresa Capixaba de Pesquisa Agropecuária - EMCAPA. Cariacica, ES : EMCAPA, [197-?]. 43p.Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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176. | | EMATER-ES Processamento de frutas. Doces em pasta.
Frutas cristalizadas.
Frutas em calda.
Compota de frutas.
Geleia de frutas. São Mateus, ES : EMATER-ES, 1998. Não paginado.Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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Registros recuperados : 177 | |
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