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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
Data corrente: |
04/07/2018 |
Data da última atualização: |
12/04/2024 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; CARBONETTO, P.; STEPHENS, M.; GARCIA, A. A. F. |
Afiliação: |
Luis Felipe Ventorim Ferrão, ESALQ; Romário Gava Ferrão, Incaper; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Aymbiré Francisco Almeida da Fonseca, Incaper/Embrapa Café; Peter Carbonetto, Research Computing Center, University of Chicago; Matthew Stephens, Research Computing Center, University of Chicago; Antonio Augusto Franco Garcia, ESALQ. |
Título: |
Accurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
Heredity, june 2018. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Genomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee. MenosGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Cafe conilon. |
Thesaurus NAL: |
Coffea canephora; Genomic. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/item/4674/1/s41437-018-0105-y.pdf
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Marc: |
LEADER 02393naa a2200229 a 4500 001 1020469 005 2024-04-12 008 2018 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aFERRÃO, L. F. V. 245 $aAccurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models.$h[electronic resource] 260 $c2018 520 $aGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee. 650 $aCoffea canephora 650 $aGenomic 653 $aCafe conilon 700 1 $aFERRÃO, R. G. 700 1 $aFERRÃO, M. A. G. 700 1 $aFONSECA, A. F. A. da. 700 1 $aCARBONETTO, P. 700 1 $aSTEPHENS, M. 700 1 $aGARCIA, A. A. F. 773 $tHeredity, june 2018.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
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101. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | ANDRADE NETO, A. P. M. de; BRAGANÇA, S. M.; FONSECA, A. F. A. da.; SARAIVA, J. S. T. Variedades. In: COSTA, E. B. da; SILVA, A. E. S. da; ANDRADE NETO, A. P. M. de; DAHER, F. de A. (Coord.). Manual técnico para a cultura do café no estado do Espírito Santo. Vitória, ES : Secretaria de Estado da Agricultura, p. 15-18 , 1995.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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102. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; BRAGANÇA, S. M.; SILVEIRA, J.S.M. Variedades derivadas de café conilon (Coffea canephora) desenvolvidas pelo Incaper para o Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 2., 2001, Vitória, ES. Trabalhos apresentados... Brasília, DF : Embrapa Café, 2001. 7p.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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104. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | NASCIMENTO, M.; FERREIRA, A.; FERRÃO, R. G.; CAMPANA, A. C. M.; BHERING, L. L.; CRUZ, C. D.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da. Adaptabilidade e estabilidade via regressão não paramétrica em genótipos de café. Pesquisa Agropecuária Brasileira v. 45, n. 1, p. 41-48, jan. 2010.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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105. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | FONSECA, A. F. A. da.; SEDIYAMA, T.; CRUZ, C. D.; SAKAYAMA, N. S.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; BRAGANÇA, S. M. Análise discriminante multivariada para classificação e agrupamento de genótipos de café conilon. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 3., 2003, Porto Seguro. Resumos... Brasília, DF: Embrapa Café, p. 215.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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107. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | DE MUNER, L. H.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; PÁGIO, V.; FORNAZIER, M. J.; OLIVEIRA, A. R. de.; MOLINO, J. A.; FERRÃO, L. M. V. Cafés Qualidade: Espírito Santo - colheita e processamento. Vitória, ES : Incaper, 2007 (Incaper. Documentos, 121).Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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108. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | GUARÇONI, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; MORELI, A. P.; FERRÃO, R. G. Características de grãos de café conilon "da roça", "cereja descascado" e "bóia" em função do tempo decorrido entre a colheita e o início da secagem. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 33., 2007, Lavras. Anais...Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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110. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | MORI, A. L. B.; KALSCHNE, D. L; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; BENASSI, M. de T. Caveol, cafestol e 16-O-metilcafestol em cultivares de Coffea Canephora cultivados no EspÃrito Santo. In: SIMPÓSIO DE ENGENHARIA E CIÊNCIA DE ALIMENTOS, 5., 2016, São Paulo. Brazilian Meeting on chemistry of food and beverages. São Paulo, SP: Universidade Estadual Paulista, 2016.Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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111. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | SOUZA, C. A. de; ROCHA, R. B.; ALVES, E. A.; TEIXEIRA, A. L.; DALAZEN, J. R.; FONSECA, A. F. A. da. Characterization of beverage quality in Coffea canephora Pierre ex A. Froehner. Coffee Science, Lavras, v. 13, n. 2, p. 210 - 218, apr./jun. 2018. p. 210 - 218Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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112. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | LEMOS, M. F.; PEREZ, C.; CUNHA, P. H. P. da; FILGUEIRA, P. R.; PEREIRA, L. P.; FONSECA, A. F. A. da.; IFA, D. R.; SCHERER, R. Chemical and sensory profile of new genotypes of Brazilian Coffea canephora. LEMOS, Mayara Fumiere et al. Chemical and sensory profile of new genotypes of Brazilian Coffea canephora. Food chemistry, v. 310, p. 125850, 2020.Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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114. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; RIVA-SOUZA, E. M.; VICENTINI, V. B.; PESTANA, D. F. Autoincompatibilidade e produção sustentável do café Conilon. In: TOMAZ, M. A.; AMARAL, J. F. T. do.; JESUS JUNIOR, W. C. de.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; MARTINS, L. D.; RODRIGUES, W. N. (Org.). Inovação, difusão e integração : bases para a sustentabilidade da cafeicultura. Alegre, ES : CAUFES, 2012. p. 107-121Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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115. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | CONTARATO, C. C.; SOBREIRA, F. M.; MODOLO, E. P.; TOMAZ, M. A.; JESUS JUNIOR, W. C. de; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G. Avaliação do desenvolvimento de clones de café que compõem a variedade Conilon Vitória. VII Encontro Latino-Americano de Pós Graduação, 2007, São José dos Campos , SP. Anais do XI Encontro Latino-Americano de iniciação cientifica e XII Encontro Latino-Americano de Pós Graduação. São José dos Campos , SP: UNIVAP - Universidade do Vale do ParaÃÂba, p. 1-4, 2007. p. 1-4Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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116. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | MENDONÇA, R. F. de.; RODRIGUES, W. N.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; TOMAZ, M. A. Avaliação de clones de café conilon de ciclo de maturação tardio quanto a produtividade e severidade da ferrugem. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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117. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | VOLPI, P. S.; FONSECA, A. F. A. da.; COMÉRIO, M.; KAULZ, M.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; COSTA, E. B.; NUNES, W. Avaliação de diferentes tipos de condução inicial no cultivo de coffea canephora. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 42., 2016, Serra Negra, SP. Produzir mais café, com economia, só com boa tecnologia: resumos. Minas Gerais : Fundação Procafé, 2016Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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118. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | VOLPI, P. S.; ANDRADE, S.; MAURI, A. L.; VERDIN FILHO, A. C.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; BERTOLDE, C. S. Influência da poda de ponteiro na produtividade do café Conilon. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 37., 2011, Poços de Caldas. Anais...Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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119. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | FERRÃO, R. G.; CRUZ, C. D.; CECON, P. R; CARNEIRO, P. C. S.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, L. M. V. Interação genótipos x ambientes e estimativas de adaptabilidade e estabilidade de produção em clones de café conilon. In: Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 5., 2007, Águas de Lindóia. Anais. Brasília, D.F. : Embrapa Café, 2007. 5p.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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120. | ![Imagem marcado/desmarcado](/web/img/desmarcado.png) | FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; SILVA, A. E. S. da.; DE MUNER, L. H.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S. Jardins clonais de café Conilon no Estado do Espírito Santo. In: Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 5., 2007, Águas de Lindóia. Anais. Brasília, D.F. : Embrapa Café, 2007. 4p Trabalho apresentado no Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 4, 2005.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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