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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
04/07/2018 |
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Data da última atualização: |
12/04/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; CARBONETTO, P.; STEPHENS, M.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
Luis Felipe Ventorim Ferrão, ESALQ; Romário Gava Ferrão, Incaper; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Aymbiré Francisco Almeida da Fonseca, Incaper/Embrapa Café; Peter Carbonetto, Research Computing Center, University of Chicago; Matthew Stephens, Research Computing Center, University of Chicago; Antonio Augusto Franco Garcia, ESALQ. |
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Título: |
Accurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Heredity, june 2018. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Genomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee. MenosGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cafe conilon. |
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Thesaurus NAL: |
Coffea canephora; Genomic. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/item/4674/1/s41437-018-0105-y.pdf
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Marc: |
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520 $aGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
Fechar
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| Registros recuperados : 139 | |
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| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 82. | | VIAN, C. E. de F.; FERRÃO, M. A. G.; APOSTÓLICO, M. A.; RODRIGUES, M. R.; GALEANO, E. A. V. Monitoramento tecnológico : efeitos na produtividade capixaba de Café Conilon. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 3. , Vitória, ES. Monitoramento tecnológico : efeitos na produtividade capixaba de Café Conilon. Editores, Andréa Ferreira da Costa, Marlon Dutra Degli Esposti e Renato Corrêa Taques. Vitória, ES : Incaper, p. 71, 2024. p. 71| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 85. | | FORNAZIER, M. J.; BENASSI, V. L. R. M.; MARTINS, D. dos S. Pragas. In: COSTA, E. B. da; SILVA, A. E. S. da; ANDRADE NETO, A. P. M. de; DAHER, F. de A. (Coord.). Manual técnico para a cultura do café no estado do Espírito Santo. Vitória, ES : Secretaria de Estado da Agricultura, p. 68-81, 1995.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 86. | | CAETANO, L. C. S.; GUARÇONI, R. G.; GUARÇONI, R. G. Qualidade e incidência de defeitos em frutos de goiabeira protegidos no pomar com diferentes tipos de sacolas. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 1. , Vitória, ES. Qualidade e incidência de defeitos em frutos de goiabeira protegidos no pomar com diferentes tipos de sacolas. Editores, Andre Guarçoni Martins ... [et al]., Vitória, ES : Incaper, 2022. Anais... Vitória, ES : Incaper, p. 28, 2022.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 89. | | COSTA, H.; ZAMBOLIM, L.; VENTURA, J. A.; VALE, F. X. R. do.; ARAÚJO, G. A. A. de. Resistência de genótipos de feijão a murcha de fusarium. REUNIAO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJAO, 6, Goiânia, v.1, p.231-233, 1999. Anais... Goiania, GO: EBDA, EMBRAPA, 1999.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 90. | | SOUZA, M. N.; NASCIMENTO, P. de O.; MONTEIRO, R. J.; TRUGILHO, G. A.; MOREIRA, M. F.; LOUBACK, G. C.; CRESPO, A. M.; PERON, I. B.; COSTA, W. M. da; FIGUEIREDO, J. S. Revegetação, matéria orgânica e a sustentabilidade nos procedimentos de recuperação de solos degradados. In: SOUZA, M. N. (Org.) Tópicos em recuperação de áreas degradadas. Vol. VI. Canoas, RS: Mérida Publishers, cap. 2, p. 72-93, 2023.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 91. | | MOTTA, M. B.; GUERRA, J. R. Sistemas de produção para abacaxi: Espírito Santo. Viana: EMATER-ES/EMCAPA, 1976 30 p. (Sistemas de Produção, 39). Encontro realizado no Centro de Aperfeiçoamento do Líder Rural-CALiR, em Viana-ES, no período de 30 de agosto a 03 de setembro de 1976. Instituições participantes: EMBRAPA, CEPLAC, EMATER-ES, EMCAPA, SUCOTRISA, EMBRATER, E.F.R.-RJ, U.F.V.| Biblioteca(s): São Gabriel da Palha. |
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| 92. | | MOTTA, M. B.; GUERRA, J. R. (Coord.). Sistemas de produção para abacaxi: Espírito Santo. Viana: EMATER-ES/EMCAPA, 1976. 30 p. (Sistemas de Produção, 39). Encontro realizado no Centro de Aperfeiçoamento do Líder Rural-CALiR, em Viana-ES, no período de 30 de agosto a 03 de setembro de 1976. Instituições participantes: EMBRAPA, CEPLAC, EMATER-ES, EMCAPA, SUCOTRISA, EMBRATER, E.F.R.-RJ, U.F.V.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha; Santa Teresa. |
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| 94. | | BRAGA, F. R.; SOUZA, R. L. O.; FERRAZ, C. M.; TOBIAS, F. L.; FIGUEIREDO, M. R. P.; NEVES, F. L.; BITENCOURT, L. B.; LIMA, D. V. de Utilização de fungos nematófagos no controle biológico das parasitoses que acometem bovinos em propriedade rural do Espírito Santo. In: CONGRESSO CAPIXABA DE PESQUISA AGROPECUÁRIA, 1., Vitória, ES. Anais 2021 : congresso capixaba de pesquisa agropecuária [recurso eletrônico]. Vitória, ES: Incaper, 2021. color. PDF ; 25,4 MB. E-book, no formato PDF. (Incaper, Documentos, 289). Pedro Luís Pereira Teixeira de Carvalho, Carlos Henrique Rodrigues de Oliveira, José Aires Ventura, Marcos Vinicius Winckler Caldeira e Romário Gava Ferrão, editores. p. 141-145| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 99. | | KÜSTER, I. S.; ALEXANDRE, R. S.; DOUSSEAU, S.; SCHMILDT, E. R.; ARANTES, L. de O.; BONOMO, R.; KLEM, D. L. B. Influência da época de plantio e indução floral na qualidade de frutos de abacaxi 'Vitória'. Revista Ifes Ciência, v. 3, n. 2, p. 29-53, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| Registros recuperados : 139 | |
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