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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
08/08/2019 |
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Data da última atualização: |
08/08/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRÃO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
Luís Felipe V. Ferrão, UFV; Eveline T. Caixeta, Embrapa Cafe; Cosme D. Cruz, UFV; Flávio F. de Souza, Embrapa Rondônia; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Laércio Zambolim, UFV; Ney S. Sakiyama, UFV. |
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Título: |
The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Systematics and Evolution, New York v. 300, p.1649-1661, feb. 2014. |
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DOI: |
10.1007/s00606-014-09903 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
The use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies. MenosThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the st... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Café canéfora; Café conilon; Codominant markers; Coffee; Diversidade genética; Dominant markers Germplasm; Marcadores dominantes; SSR STRUCTURE. |
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Thesagro: |
Café; Coffea Canephora; Marcador molecular. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/123456789/3664/1/the-effects-enconding-ferrao.pdf
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Marc: |
LEADER 02777naa a2200337 a 4500
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520 $aThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
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Origem |
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Registro |
Volume |
Status |
Fechar
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| Registros recuperados : 1.096 | |
| 701. |  | RONCHI, C. P.; CARVALHO, F. P. de.; SILVA, A. A. da. Manejo integrado de plantas daninhas. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. 2 ed. atual. ampli. Vitória, ES: Incaper, p. 383-397, 2017.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 703. | | SOUSA, M. B. A. de.; MANTOVANI, E. C.; SILVA, J. G. F. da.; VICENTE, M. R.; VIEIRA, G. H. S.; SOARES, A. A. Manejo da irrigação na cafeicultura irrigada por pivô central nas regiões Norte do Espírito Santo e Extremo Sul da Bahia. Bioscience Journal, Uberlândia, v. 27, n. 4, p. 581-590, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 704. | | ROCHA, M. A. M. Manejo de plantas daninhas. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; BRAGANÇA, S. M.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. Vitória: Incaper, 2007. 390-403 p.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 705. | | MANEJO de poda em café Arábica. Vitória, ES: Incaper/GTTC, 2020. Equipe técnica: Abraão Carlos Verdin Filho: pesquisador do Incaper e coordenador Estadual da cafeicultura. Edimar Celin: extensionista do Incaper, lotado na unidade do Incaper do município de Castelo. Matheus Fonseca de Souza:...| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 706. | | VERDIN FILHO, A. C.; FONSECA, A. F. A. da.; VOLPI, P. S.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; COMÉRIO, M.; SENRA, J. F. de B.; LIMA, I. de M.; POSSE, S. C. P.; RODRIGUES, W. N.; COLODETTI, T. V. MANEJO DE PODAS PARA O CAFÉ CONILON: Técnicas de Formação e Condução de Lavouras. Vitória, ES: Incaper, 2021. 60p. ePUB.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 707. | | FORNAZIER, M. J.; MARTINS, D. dos S.; FANTON, C. J.; BENASSI, V. L. R. M. Manejo de pragas do café Conilon. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. 2 ed. atual. ampli. Vitória, ES: Incaper, p. 399-433, 2017.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 708. | | MANEJO de pragas dos cafeeiros. Vitória, ES: Incaper/GTTC, 2020. Vídeo (1 h 12 m) : son., color. Equipe técnica: Maurício Fornazier,Cesar Fanton e Renan Batista Queiroz, pesquisadores do Incaper. Caio Fabricius (cinegrafista/Incaper). Tatiana Toniato Caus (jornalista/Incaper). Webinar.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 712. | | FERRÃO, M. A. G.; MENDONÇA, R. F. de.; FONSECA, A. F. A. da.; VOLPI, P. S.; FERRÃO, R. G.; SENRA, J. F. de B.; COMÉRIO, M.; VERDIN FILHO, A. C.; RIVA-SOUZA, E. M. Manutenção da reserva gênica de Coffea do Incaper e caracterização dos acessos da espécie Coffea canephora do banco ativo de germoplasma. In: CONGRESSO CAPIXABA DE PESQUISA AGROPECUÁRIA, 1., Vitória, ES. Anais 2021 : congresso capixaba de pesquisa agropecuária [recurso eletrônico]. Vitória, ES: Incaper, 2021. color. PDF ; 25,4 MB. E-book, no formato PDF. (Incaper, Documentos, 289). Pedro Luís Pereira Teixeira de Carvalho, Carlos Henrique Rodrigues de Oliveira, José Aires Ventura, Marcos Vinicius Winckler Caldeira e Romário Gava Ferrão, editores. p. 115-116| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 713. | | DE MUNER, L. H.; FORNAZIER, M. J.; ALIXANDRE, F. T.; MARTINUZZO, M. B.; KROHLING, C. A.; SOUZA, M. F. de.; SOUSA, D. G. de.; LIMA, T. L. B. de; HASSEM, A. de P.; CATHERINGER, C. de O.; CARVALHO, E. V.; PASCHOALINO, R. S.; CELESTINO, R. C.; PAULA, E. de.; SANTOS, J. M. dos.; LAZZARINI, A. L.; RESENDE, L. de A. R.; JESUS, A. C. de.; OLIVEIRA JUNIOR, A. O. de.; ROSSI, V. dos S.; FERREIRA, C. C.; MARION, W. H. S.; RODRIGUES. A. Marco referencial inicial da adequação produtiva e socioambiental de propriedades cafeeiras de arábica no Estado do Espírito Santo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 44., 2018, Franca, SP. Nosso café, melhorado desde o pé: anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2018.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 714. | | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; FONSECA, A. F. A. da.; VERDIN FILHO, A. C.; TÓFFANO, J. L.; TRAGINO, P. H.; COMÉRIO, M.; KAULZ, M. 'Marilândia ES8143' cultivar clonal de café conilon tolerante à seca para o Espírito Santo. Vitória, ES : Incaper, 2017. (Incaper. Documentos, 249). Folder técnico.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 715. | | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; FONSECA, A. F. A. da.; VERDIN FILHO, A. C.; SENRA, J. F. de B.; COMÉRIO, M.; FERRÃO, L. M. V. Marilândia ES8143, cultivar clonal de café conilon tolerante a seca para o para o Estado do Espírito Santo. In: CONGRESSO CAPIXABA DE PESQUISA AGROPECUÁRIA, 1., Vitória, ES. Anais 2021 : congresso capixaba de pesquisa agropecuária [recurso eletrônico]. Vitória, ES: Incaper, 2021. color. PDF ; 25,4 MB. E-book, no formato PDF. (Incaper, Documentos, 289). Pedro Luís Pereira Teixeira de Carvalho, Carlos Henrique Rodrigues de Oliveira, José Aires Ventura, Marcos Vinicius Winckler Caldeira e Romário Gava Ferrão, editores. p. 128| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 716. | | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, R. G.; VOLPI, P. S.; FERRÃO, M. A. G.; VERDIN FILHO, A. C.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, L. M. V.; COMÉRIO, M. Marilândia ES 8143, cultivar clonal de café Conilon tolerante à seca para p Estado do Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 10., 2019, Vitória. Pesquisa, inovação e sustentabilidade dos cafés do Brasil: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2019.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 719. | | FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; ROCHA, A. C. da.; SIMÃO, J. B. P.; BARBOSA, W. M. Melhoramento de café arábica para o Estado do Espírito Santo. In: SIMPÓSIO INTERNO DE PESQUISA, DESENVOLVIMENTO E INOVAÇÃO, 1., 2004, Vitória. Resumo das ações de pesquisa, desenvolvimento e inovações tecnológicas. Vitória, ES : Incaper, p.45-47, 2005. (Incaper. Documentos, 140).| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| Registros recuperados : 1.096 | |
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