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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
08/08/2019 |
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Data da última atualização: |
08/08/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRÃO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
Luís Felipe V. Ferrão, UFV; Eveline T. Caixeta, Embrapa Cafe; Cosme D. Cruz, UFV; Flávio F. de Souza, Embrapa Rondônia; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Laércio Zambolim, UFV; Ney S. Sakiyama, UFV. |
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Título: |
The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Systematics and Evolution, New York v. 300, p.1649-1661, feb. 2014. |
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DOI: |
10.1007/s00606-014-09903 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
The use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies. MenosThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the st... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Café canéfora; Café conilon; Codominant markers; Coffee; Diversidade genética; Dominant markers Germplasm; Marcadores dominantes; SSR STRUCTURE. |
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Thesagro: |
Café; Coffea Canephora; Marcador molecular. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/123456789/3664/1/the-effects-enconding-ferrao.pdf
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Marc: |
LEADER 02777naa a2200337 a 4500
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
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Origem |
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Registro |
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Status |
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| Registros recuperados : 380 | |
| 161. |  | FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, L. F. V.; MOTTA, L. B.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; RIVA-SOUZA, E. M. Biotecnologia aplicada a Coffea canephora. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. 2 ed. atual. ampli. Vitória, ES: Incaper, p. 193-217, 2017.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 162. | | FERRÃO, R. G.; FORNAZIER, M. J.; FERRÃO, M. A. G.; PREZOTTI, L. C.; FONSECA, A. F. A. da.; ALIXANDRE, F. T.; FERRÃO, L. F. V. Estado da arte da cafeicultura no Espírito Santo. In: SEMINÁRIO PARA A SUSTENTABILIDADE DA CAFEICULTURA., 1, 2008, Alegre-ES. Seminário para a sustentabilidade da cafeicultura. Alegre-ES : UFES, p. 29-47, 2008.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 163. | | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; TÓFFANO, J. L.; FONSECA, A. F. A. da.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; GUARÇONI, R. G.; MENDONÇA, R. F. Estimativa de parâmetros genéticos de clones de café conilon originados de população de maturação de grão precoce no Estado do Espírito Santo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: SBMP: Incaper, 2009. 1 CD-ROM. (Incaper. Documentos, 11). CBMP 2009. 4p.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 164. | | VICENTINI, V. B.; FERRÃO, M. A. G.; BOREM, A.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S. Estimativas de ganhos de seleção entre e dentro de famílias de meios-irmãos de coffea Canephora. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Consórcio pesquisa café: oportunidades e novos desafios. Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 166. | | RODRIGUES, W. N.; TOMAZ, M. A.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; MIRANDA, F. D. de. Estimativas de parâmetros genéticos de grupos de clones em café Conilon. Coffee Science, Lavras, v. 7, n. 2, p. 177-186, maio/ago. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 167. | | DALCOMO, J. M.; VIEIRA, H. D.; FERREIRA, A.; LIMA, W. L.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; PARTELLI, F. L. Evaluation of genetic divergence among clones of conilon coffee after scheduled cycle pruning. Genetics and Molecular Research v. 14, n. 4, p. 15417-15426, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 168. | | FERRÃO, R. G.; MARQUES, E. M. G.; SANTOS, J. A. C.; COSTA, A. de F. S. da.; PACHECO, C. A. P.; FERRÃO, M. A. G. Dois ciclos de seleção entre e dentro de famílias de meio irmãos na população de milho EEL 2. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 19.; REUNIAO TECNICA ANUAL DE MILHO, 37.; REUNIAO TECNICA ANUAL DO SORGO, 21., 1992, Porto Alegre. Resumos. Porto Alegre: SAA, 1992. p. 21. p.21| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 169. | | FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRÃO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. Plant Systematics and Evolution, New York v. 300, p.1649-1661, feb. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 170. | | FERRÃO, R. G.; SILVEIRA, J. S. M.; GAMA, E. E. G.; SANTOS, J. A. C.; FERRÃO, M. A. G.; DESSAUNE FILHO, N. 'EMCAPA 202- OURO VERDE', variedade de milho desenvolvida para o pequeno e o médio produtor do estado do Espírito Santo. COMUNICADO TÉCNICO, n. 77, p. 1-3, jul. 1995. (EMCAPA. Comunicado Técnico, 77).| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 172. | | FERRÃO, M. A. G.; COSTA, H.; RODRIGUES, C. H.; MARQUES, E. M. G.; GALVÊAS, P. A. O.; FERRÃO, R. G.; DESSAUNE FILHO, N. 'EMCAPA 405-GOYTACAZES', nova cultivar de feijão do tipo Carioca para o estado do Espírito Santo. COMUNICADO TÉCNICO, n. 66, p. 1-3, jan. 1993. (EMCAPA. Comunicado Técnico, 66).| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 173. | | FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; SILVEIRA, J. S. M.; POSSE, S. C. P.; FERRÃO, L. M. V. EMCAPA 8141 - Robustão Capixaba: primeira variedade clonal de café conilon tolerante à seca. IN: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 1., 2000, Poços de Caldas. Resumos Expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café/MINASPLAN, 2000| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 175. | | VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; MAURI, A. L.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; TRISTÃO, F. A. Densidade de hastes ortotrópicas em café arábica conduzidos por meio da poda programada de ciclo - PPCA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 42., 2016, Serra Negra, SP. Produzir mais café, com economia, só com boa tecnologia. Serra Negra : Fundação Procafé, 2016.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 176. | | FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; RIVA-SOUZA, E. M.; MORELI, A. P.; SALDINO, F. A. Desempenho de genótipos de Café Arábica avaliados na Região do Caparaó capixaba. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 177. | | FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; ROCHA, A. C. da.; ANDRADE NETO, A. P. M. de; FORNAZIER, M. J. Desempenho de progênies de café arábica na Região de Montanhas do Estado do Espírito Santo. I: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 1., 2000, Poços de Caldas, MG. Resumos expandidos... Brasília, DF : Embrapa Café; Minasplan, 2000.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 178. | | SOSSA, S. R.; DORZENONI, R. R.; GUARÇONI, R. G.; COSTA, H.; FORNAZIER, M. J.; RIVA-SOUZA, E. M.; FERRÃO, M. A. G.; ZANÚNCIO JUNIOR, J. S. Determinação do número de folhas para avaliação de Mycosphaerella Coffeicola (cooke) J.A. Stev. & Wellman (1944) (Capnodiales: mycosphaerellaceae) em parcelas experimentais de café arábica. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 1. , Vitória, ES. Controle biológico da cochonilha da roseta e o efeito dessa praga na queda de frutos de café conilon. Editores, Andre Guarçoni Martins... [et al]., Vitória, ES : Incaper, 2022. Anais... Vitória, ES : Incaper, p. 60, 2022.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 179. | | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; MAURI, A. L.; LANI, J. A. 'Diamante ES 8112', 'ES 8122 - Jequitibá ' e 'Centenária ES 8132' : novas cultivares clonais de café Conilon com qualidade de bebida para o Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Consórcio pesquisa café: oportunidades e novos desafios. Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 180. | | FONSECA, A. F. A. da.; SEDIYAMA, T.; CRUZ, C. D.; SAKIYAMA, N. S.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; BRAGANÇA, S. M. Discriminant analysis for the classification and clustering of robusta coffee genotypes. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 4, n. 3, p. 285-289, 2004.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: - - - |
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