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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
19/06/2019 |
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Data da última atualização: |
25/08/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
Luís Felipe Ventorim Ferrão., Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ).; Romário Gava Ferrão, Incaper; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Aymbiré Francisco Almeida da Fonseca, Incaper/Embrapa Café; Antonio Augusto Franco Garcia., Universidade de São Paulo (USP). |
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Título: |
A mixed model to multiple harvest-location trials applied to genomic prediction in Coffea canephora. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, Germany, v. 13, n. 95, p. 13, 2017. |
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Páginas: |
13 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Genomic selection (GS) has been studied in several crops to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycles. Despite its relevance, there are only a modest number of reports applied to the genus Coffea. Effective implementation depends on the ability to consider genomic models, which correctly represent breeding scenario in which the species are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented by evaluations in multiple locations and harvests to understand the interaction and predict the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was to investigate GS models suitable for use in Coffea canephora. An expansion of traditional GBLUP was considered and genomic analysis was performed using a genotyping-bysequencing (GBS) approach, showed good potential to be used in coffee breeding programs. Interactions were modeled using the multiplicative mixed model theory, which is commonly used in multi-environment trials (MET) analysis in perennial crops. The effectiveness of the method used was compared with other genetic models in terms of goodnessof-fit statistics and prediction accuracy. Different scenarios that mimic coffee breeding were used in the cross-validation process. The method used had the lowest AIC and BIC values and, consequently, the best fit. In terms of predictive ability, the incorporation of the MET modeling showed higher accuracy (on average 10?17% higher) and lower prediction errors than traditional GBLUP. The results may be used as basis for additional studies into the genus Coffea and can be expanded for similar perennial crops. MenosAbstract Genomic selection (GS) has been studied in several crops to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycles. Despite its relevance, there are only a modest number of reports applied to the genus Coffea. Effective implementation depends on the ability to consider genomic models, which correctly represent breeding scenario in which the species are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented by evaluations in multiple locations and harvests to understand the interaction and predict the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was to investigate GS models suitable for use in Coffea canephora. An expansion of traditional GBLUP was considered and genomic analysis was performed using a genotyping-bysequencing (GBS) approach, showed good potential to be used in coffee breeding programs. Interactions were modeled using the multiplicative mixed model theory, which is commonly used in multi-environment trials (MET) analysis in perennial crops. The effectiveness of the method used was compared with other genetic models in terms of goodnessof-fit statistics and prediction accuracy. Different scenarios that mimic coffee breeding were used in the cross-validation process. The method used had the lowest AIC and BIC values and, consequently, the best fit. In terms of predictive ability, the incorporation of the MET modeling showed higher accuracy (on average 10?17% higher) and lower prediction errors ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genomic selection. |
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Thesaurus NAL: |
GBLUP; Gbs; Genomic selection; Genotyping by sequencing; MET; Multi environment trials; Perennial crops. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aAbstract Genomic selection (GS) has been studied in several crops to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycles. Despite its relevance, there are only a modest number of reports applied to the genus Coffea. Effective implementation depends on the ability to consider genomic models, which correctly represent breeding scenario in which the species are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented by evaluations in multiple locations and harvests to understand the interaction and predict the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was to investigate GS models suitable for use in Coffea canephora. An expansion of traditional GBLUP was considered and genomic analysis was performed using a genotyping-bysequencing (GBS) approach, showed good potential to be used in coffee breeding programs. Interactions were modeled using the multiplicative mixed model theory, which is commonly used in multi-environment trials (MET) analysis in perennial crops. The effectiveness of the method used was compared with other genetic models in terms of goodnessof-fit statistics and prediction accuracy. Different scenarios that mimic coffee breeding were used in the cross-validation process. The method used had the lowest AIC and BIC values and, consequently, the best fit. In terms of predictive ability, the incorporation of the MET modeling showed higher accuracy (on average 10?17% higher) and lower prediction errors than traditional GBLUP. The results may be used as basis for additional studies into the genus Coffea and can be expanded for similar perennial crops.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
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| Registros recuperados : 407 | |
| 142. |  | FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; BRAGANÇA, S. M.; FERRÃO, L. M. V. EMCAPA 8151 - robusta tropical: variedade melhorada de café conilon de propagação por sementes para o Estado do Espírito Santo. IN: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 1., 2000, Poços de Caldas. Resumos Expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café/MINASPLAN, 2000.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 145. | | FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; PEREIRA, A. A.; FAZUOLI, L. C. Desempenho de genótipos de Coffea arabica em baixa altitude. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 3., 2003, Porto Seguro. Resumos... Brasília, DF: Embrapa Café, p. 333.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 147. | | FONSECA, A. F. A. da.; SEDIYAMA, T.; CRUZ, C.D.; SAKAIYAMA, N.S.; FERRÃO, R. G.; BRAGANÇA, S. M. Divergência genética em café conilon. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 41, n. 4, p. 599-605, abr. 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: - - - |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 149. | | FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; GARCIA, A. F. Mixed model to multiple Harvest-Location trial applied to genomic prediction in Coffea canephora. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. não paginado. P1168.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 150. | | FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; GARCIA, A. A. F. A mixed model to multiple harvest-location trials applied to genomic prediction in Coffea canephora. Tree Genetics & Genomes, Germany, v. 13, n. 95, p. 13, 2017. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 151. | | FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S. Origem, dispersão geográfica, taxonomia e diversidade genética de Coffea canephora. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. 2 ed. atual. ampli. Vitória, ES: Incaper, p. 81-101, 2017.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 152. | | FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S. Origin, geographical dispersion, taxonomy and genetic diversity of Coffea canephora. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Conilon Coffee. 3 edition updated and expanded Vitória, ES : Incaper, 2019. Cap. 4, p. 85-109. Translated from: Café Conilon, 2017 - Incaper. English translation: Marcele Gualda Pasolini.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 153. | | FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S. Qualidade do café Conilon : operações de colheita e pós-colheita. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; BRAGANÇA, S. M.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. Vitória: Incaper, 2007. 498-517 p.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 154. | | GUARÇONI, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; MORELI, A. P.; FERRÃO, R. G. Rendimento de café conilon "da roça", "cereja descascado" e "boia" em função do tipo de secagem. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 33., 2007, Lavras. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2009.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 155. | | FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; MATA, F. M. da.; ROCHA, A. C. da. Seleção de genótipos de coffea arabica adaptados à seca para as regiões de montanha do Estado do Espírito Santo com deficiência hídrica. In: SIMPÓSIO INTERNO DE PESQUISA, DESENVOLVIMENTO E INOVAÇÃO, 1., 2004, Vitória. Resumo das ações de pesquisa, desenvolvimento e inovações tecnológicas. Vitória, ES : Incaper, p. 49-50, 2005. (Incaper. Documentos, 140).| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 156. | | FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; CASTRO, L. L. F. de.; FERRÃO, R. G. O sistema de inovação como fator indutor de competitividade na cafeicultura. In: TOMAZ, M. A.; AMARAL, J. F. T. do.; JESUS JUNIOR, W. C. de.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; MARTINS, L. D.; RODRIGUES, W. N. (Org.). Inovação, difusão e integração : bases para a sustentabilidade da cafeicultura. Alegre, ES : CAUFES, 2012. p. 57-69| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 157. | | FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; BRAGANÇA, S. M.; SILVEIRA, J.S.M. Variedades derivadas de café conilon (Coffea canephora) desenvolvidas pelo Incaper para o Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 2., 2001, Vitória, ES. Trabalhos apresentados... Brasília, DF : Embrapa Café, 2001. 7p.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 158. | | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; LANI, J. A.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; FERRÃO, L. M. V. Café Conilon : cultivares melhoradas sustentáveis. Incaper em revista, Vitória, v. 4 e 5, p. 78-83, jan. 2013 a dez. 2014.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 159. | | DE MUNER, L. H.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; PÁGIO, V.; FORNAZIER, M. J.; OLIVEIRA, A. R. de.; MOLINO, J. A.; FERRÃO, L. M. V. Cafés Qualidade: Espírito Santo - colheita e processamento. Vitória, ES : Incaper, 2007 (Incaper. Documentos, 121).| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 160. | | GUARÇONI, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; MORELI, A. P.; FERRÃO, R. G. Características de grãos de café conilon "da roça", "cereja descascado" e "bóia" em função do tempo decorrido entre a colheita e o início da secagem. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 33., 2007, Lavras. Anais...| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| Registros recuperados : 407 | |
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| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
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