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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
04/07/2018 |
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Data da última atualização: |
12/04/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; CARBONETTO, P.; STEPHENS, M.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
Luis Felipe Ventorim Ferrão, ESALQ; Romário Gava Ferrão, Incaper; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Aymbiré Francisco Almeida da Fonseca, Incaper/Embrapa Café; Peter Carbonetto, Research Computing Center, University of Chicago; Matthew Stephens, Research Computing Center, University of Chicago; Antonio Augusto Franco Garcia, ESALQ. |
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Título: |
Accurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Heredity, june 2018. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Genomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee. MenosGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cafe conilon. |
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Thesaurus NAL: |
Coffea canephora; Genomic. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/item/4674/1/s41437-018-0105-y.pdf
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Marc: |
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520 $aGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
Fechar
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| Registros recuperados : 817 | |
| 681. |  | INCAPER EM REVISTA. Indicações geográficas e certificação na agropecuária capixaba. Vitória: Incaper, v. 11 e 12, jan. a dez. 2021. 115p.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 682. | | FORNAZIER, M. J.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; COMÉRIO, F.; MIGUEL, G. S.; PEREIRA, A. A.; FAZUOLI, L. C. Incidência da broca dos ramos Xylosandrus compactus (Eichhoff) (Coleoptera : Scolytidae) em introduções de café robusta no Estado do Espírito Santo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 34., 2008, Caxambu. Trabalhos apresentados... Brasília, MAPA/PROCAFÉ: Embrapa Café; Lavras: UFLA; UBERABA: UNIUBE; Varginha: Fundação Procafé, 2008. 408 p.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 684. | | FORNAZIER, M. J.; MARTINS, D. dos S.; GOMES, W. R.; CONTARATO, C. C.; WOLFGRAMM, R.; SCALFONI, A. Infestação da broca dos ramos Xylosandrus compactus (Eichhoff) (Coleoptera: Scolytidae) em clones de café na região Norte do Espírito Santo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 37., 2011, Poços de Caldas. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 685. | | BENIÇÃ?, A. P.; COSTA, P. R.; DOUSSEAU, S.; ARANTES, L. de O.; MACHADO FILHO, J. A. Influência de genótipos clonais de Coffea Canephora e dos diferentes estádios maturação de seus frutos sobre o rendimento e a condutividade elétrica das sementes. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 3. , Vitória, ES. Influência de genótipos clonais de Coffea Canephora e dos diferentes estádios maturação de seus frutos sobre o rendimento e a condutividade elétrica das sementes. Editores, Andréa Ferreira da Costa, Marlon Dutra Degli Esposti e Renato Corrêa Taques. Vitória, ES : Incaper, p. 87, 2024. p. 87| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 686. | | BENASSI, V. L. R. M.; FANTON, C. J. Controle biológico da broca-do-café, Hypothenemus hampei. In: SIMPÓSIO INTERNO DE PESQUISA, DESENVOLVIMENTO E INOVAÇÃO, 1., 2004, Vitória. Resumo das ações de pesquisa, desenvolvimento e inovações tecnológicas. Vitória, ES : Incaper, p. 88-89, 2005. (Incaper. Documentos, 140).| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 687. | | TOMAZ, M. A.; FERRARI, R. B.; CRUZ, C. D.; MARTINEZ, H. E. P.; FONSECA, A. F. A. da.; SAKIYAMA, N. S. Crescimento de raiz e parte aérea de cafeeiros enxertados cultivados em vaso. Revista Ceres, Viçosa, v. 53, n. 308, p.507-512, 2006. p.507-512| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 690. | | BRANDÃO, C. T. F. B.; CERRI NETO, B.; BATISTA, J. de O.; BITTI, V. F.; ARANTES, L. de O.; DOUSSEAU, S. Curva de resposta de luz de clones contrastantes de cafeeiro conilon cultivados em campo irrigado e sequeiro. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 2., 2022, Vitória, ES. Curva de resposta de luz de clones contrastantes de cafeeiro conilon cultivados em campo irrigado e sequeiro. Editores, Andréa Ferreira da Costa... [et al]., Vitória, ES : Incaper, 2023. Anais... Vitória, ES : Incaper, p. 29, 2023. p. 29| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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| 691. | | GALEANO, E. A. V.; VOLPI, P. S.; MOREIRA, W.; MACIEL, L. L.; PERIM, J.; COMÉRIO, M. Custos da colheita de café conilon na região centro-oeste do EspÃÂrito Santo. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 3. , Vitória, ES. Custos da colheita de café conilon na região centro-oeste do EspÃÂrito Santo. Editores, Andréa Ferreira da Costa, Marlon Dutra Degli Esposti e Renato Corrêa Taques. Vitória, ES : Incaper, p. 88, 2024. p. 88| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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| 692. | | SOUSA, M. B. A. de.; MANTOVANI, E. C.; SILVA, J. G. F. da.; VICENTE, M. R.; VIEIRA, G. H. S.; SOARES, A. A. Manejo da irrigação na cafeicultura irrigada por pivô central nas regiões Norte do Espírito Santo e Extremo Sul da Bahia. Bioscience Journal, Uberlândia, v. 27, n. 4, p. 581-590, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 693. | | VERDIN FILHO, A. C.; FONSECA, A. F. A. da.; VOLPI, P. S.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; COMÉRIO, M.; SENRA, J. F. de B.; LIMA, I. de M.; POSSE, S. C. P.; RODRIGUES, W. N.; COLODETTI, T. V. MANEJO DE PODAS PARA O CAFÉ CONILON: Técnicas de Formação e Condução de Lavouras. Vitória, ES: Incaper, 2021. 60p. ePUB.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 694. | | MANEJO de pragas dos cafeeiros. Vitória, ES: Incaper/GTTC, 2020. Vídeo (1 h 12 m) : son., color. Equipe técnica: Maurício Fornazier,Cesar Fanton e Renan Batista Queiroz, pesquisadores do Incaper. Caio Fabricius (cinegrafista/Incaper). Tatiana Toniato Caus (jornalista/Incaper). Webinar.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 695. | | FERRÃO, M. A. G.; MENDONÇA, R. F. de.; FONSECA, A. F. A. da.; VOLPI, P. S.; FERRÃO, R. G.; SENRA, J. F. de B.; COMÉRIO, M.; VERDIN FILHO, A. C.; RIVA-SOUZA, E. M. Manutenção da reserva gênica de Coffea do Incaper e caracterização dos acessos da espécie Coffea canephora do banco ativo de germoplasma. In: CONGRESSO CAPIXABA DE PESQUISA AGROPECUÁRIA, 1., Vitória, ES. Anais 2021 : congresso capixaba de pesquisa agropecuária [recurso eletrônico]. Vitória, ES: Incaper, 2021. color. PDF ; 25,4 MB. E-book, no formato PDF. (Incaper, Documentos, 289). Pedro Luís Pereira Teixeira de Carvalho, Carlos Henrique Rodrigues de Oliveira, José Aires Ventura, Marcos Vinicius Winckler Caldeira e Romário Gava Ferrão, editores. p. 115-116| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 696. | | FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; ZUCATELI, F.; VENTURA, J. A.; MARQUES, E. M. G. Melhoramento populacional, desenvolvimento de variedades sintéticas e híbridos (coffea canephora) para o Estado do Espírito Santo. In: SIMPÓSIO INTERNO DE PESQUISA, DESENVOLVIMENTO E INOVAÇÃO, 1., 2004, Vitória. Resumo das ações de pesquisa, desenvolvimento e inovações tecnológicas. Vitória, ES : Incaper, p. 68-70, 2005. (Incaper. Documentos, 140).| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 697. | | Mini jardim clonal de café Conilon em Sooretama [gravação de vídeo]. In: BORGES, V. A. J.; OLIVEIRA, L. R. de. (Org.). Balanço social 2018 Incaper. Vitória, ES : Incaper, 2019. 53p. (Incaper. Documentos, 267). Vídeo MP4 (7 min. e 28 seg.) : son., color. Equipe técnica: Cléber Cassio Ferreira, extensionista. Celso Kuboyama, produtor rural. Imagem e edição: João Oliveira. Produção Vanessa Borges.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 698. | | FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; GARCIA, A. F. Mixed model to multiple Harvest-Location trial applied to genomic prediction in Coffea canephora. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. não paginado. P1168.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 699. | | VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; COLODETTI, T. V.; RODRIGUES, W. N.; ANDRADE, S.; COMÉRIO, M.; VIEIRA, L. J. D.; ARMANI, E. Modificações morfológicas de plantas de Coffea canephora pierre em função do adensamento e do número de hastes. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 44., 2018, Franca, SP. Nosso café, melhorado desde o pé: anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2018.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 700. | | GALEANO, E. A. V.; TAQUES, R. C.; SOUZA, R. C; FERRÃO, R. G. Mudança na distribuiçao espacial da produtividade da cafeicultura no Espírito Santo nos anos 2011-2016. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ECONOMIA, ADMINISTRAÇÃO E SOCIOLOGIA RURAL, 56., 2018, São Paulo, SP. Desafios em gestão, inovação, sustentabilidade e inclusão social. Brasília, DF: SOBER, 2018.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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