| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
|
Data corrente: |
08/08/2019 |
|
Data da última atualização: |
08/08/2019 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRÃO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. |
|
Afiliação: |
Luís Felipe V. Ferrão, UFV; Eveline T. Caixeta, Embrapa Cafe; Cosme D. Cruz, UFV; Flávio F. de Souza, Embrapa Rondônia; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Laércio Zambolim, UFV; Ney S. Sakiyama, UFV. |
|
Título: |
The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. |
|
Ano de publicação: |
2014 |
|
Fonte/Imprenta: |
Plant Systematics and Evolution, New York v. 300, p.1649-1661, feb. 2014. |
|
DOI: |
10.1007/s00606-014-09903 |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
The use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies. MenosThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the st... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Café canéfora; Café conilon; Codominant markers; Coffee; Diversidade genética; Dominant markers Germplasm; Marcadores dominantes; SSR STRUCTURE. |
|
Thesagro: |
Café; Coffea Canephora; Marcador molecular. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/123456789/3664/1/the-effects-enconding-ferrao.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02777naa a2200337 a 4500
001 1021517
005 2019-08-08
008 2014 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1007/s00606-014-09903$2DOI
100 1 $aFERRÃO, L. F. V.
245 $aThe effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers.$h[electronic resource]
260 $c2014
520 $aThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies.
650 $aCafé
650 $aCoffea Canephora
650 $aMarcador molecular
653 $aCafé canéfora
653 $aCafé conilon
653 $aCodominant markers
653 $aCoffee
653 $aDiversidade genética
653 $aDominant markers Germplasm
653 $aMarcadores dominantes
653 $aSSR STRUCTURE
700 1 $aCAIXETA, E. T.
700 1 $aCRUZ, C. D.
700 1 $aSOUZA, F. de F.
700 1 $aFERRÃO, M. A. G.
700 1 $aZAMBOLIM, Z.
700 1 $aSAKIYAMA, N. S.
773 $tPlant Systematics and Evolution, New York$gv. 300, p.1649-1661, feb. 2014.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
|
Data corrente: |
12/01/2017 |
|
Data da última atualização: |
12/01/2017 |
|
Tipo da produção científica: |
Publicação em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
SOUZA, J. R. C. de L.; DIAS, N. C. da S.; SOUZA, T. da S. de.; SOUZA, T. da S. de. |
|
Afiliação: |
Jaqueline Rodrigues Cindra de Lima Souza, IFES ALEGRE; Natália Caroliny da Silva Dias, IFES ALEGRE; Tássio da Silva de Souza, Incaper; Tércio da Silva de Souza, IFES ALEGRE. |
|
Título: |
Avaliação química do café conilon submetido a diferentes processos de secagem. |
|
Ano de publicação: |
2013 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 17;ENCONTRO LATINO AMERICANO DE PÓS GRADUAÇÃO, 13; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA JÚNIOR, 7., 2013, São José dos Campos. Anais... São José dos Campos: Universidade do Vale do Paraíba, 2013. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Com o crescimento da demanda mundial por cafés de qualidade é de fundamental importância o aprimoramento de técnicas de colheita e pós-colheita para obtenção do produto com qualidade e maior rentabilidade. O presente estudo teve por objetivo avaliar a qualidade dos grãos de café conilon (Coffee Canephora) submetidos a diferentes processos de secagem: secador de fogo direto (FD), secador de fogo indireto (FI), terreiro de concreto (TC) e terreiro de terra batida (TB). Os parâmetros analisados foram:
acidez total titulável (ATT), sólidos solúveis totais (SST), cafeína (C), compostos fenólicos totais (CFT), ácidos clorogênicos totais (ACT) e açúcares totais (AT). O café seco em TC destacou-se dos demais tratamentos, apresentando um maior conjunto de características químicas indicativas de melhor qualidade: teores estatisticamente menores de ATT (296,49mLNaOH/100g) e CFT (54,42mg/g) e maiores de AT(8,97%m/m), SST (33,39%m/m) e ACT (46.79mg/g). Através dos resultados obtidos foi possível concluir que para a situação estudada o TC foi o mais benéfico para a manutenção da qualidade do café. |
|
Palavras-Chave: |
Coffea canephora; Coffee Canephora; Processo de secagem; Propriedades químicas; Qualidade da bebida. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
http://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/item/2588/1/BRT-avaliacaoquimicadocafeconilonsubmetidoadiferentesprocessosdesecagem-souza.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02006nam a2200205 a 4500
001 1014038
005 2017-01-12
008 2013 bl uuuu u01u1 u #d
100 1 $aSOUZA, J. R. C. de L.
245 $aAvaliação química do café conilon submetido a diferentes processos de secagem.$h[electronic resource]
260 $aIn: ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 17;ENCONTRO LATINO AMERICANO DE PÓS GRADUAÇÃO, 13; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA JÚNIOR, 7., 2013, São José dos Campos. Anais... São José dos Campos: Universidade do Vale do Paraíba$c2013
520 $aCom o crescimento da demanda mundial por cafés de qualidade é de fundamental importância o aprimoramento de técnicas de colheita e pós-colheita para obtenção do produto com qualidade e maior rentabilidade. O presente estudo teve por objetivo avaliar a qualidade dos grãos de café conilon (Coffee Canephora) submetidos a diferentes processos de secagem: secador de fogo direto (FD), secador de fogo indireto (FI), terreiro de concreto (TC) e terreiro de terra batida (TB). Os parâmetros analisados foram: acidez total titulável (ATT), sólidos solúveis totais (SST), cafeína (C), compostos fenólicos totais (CFT), ácidos clorogênicos totais (ACT) e açúcares totais (AT). O café seco em TC destacou-se dos demais tratamentos, apresentando um maior conjunto de características químicas indicativas de melhor qualidade: teores estatisticamente menores de ATT (296,49mLNaOH/100g) e CFT (54,42mg/g) e maiores de AT(8,97%m/m), SST (33,39%m/m) e ACT (46.79mg/g). Através dos resultados obtidos foi possível concluir que para a situação estudada o TC foi o mais benéfico para a manutenção da qualidade do café.
653 $aCoffea canephora
653 $aCoffee Canephora
653 $aProcesso de secagem
653 $aPropriedades químicas
653 $aQualidade da bebida
700 1 $aDIAS, N. C. da S.
700 1 $aSOUZA, T. da S. de.
700 1 $aSOUZA, T. da S. de.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
