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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
Data corrente: |
08/08/2019 |
Data da última atualização: |
08/08/2019 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRÃO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. |
Afiliação: |
Luís Felipe V. Ferrão, UFV; Eveline T. Caixeta, Embrapa Cafe; Cosme D. Cruz, UFV; Flávio F. de Souza, Embrapa Rondônia; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Laércio Zambolim, UFV; Ney S. Sakiyama, UFV. |
Título: |
The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. |
Ano de publicação: |
2014 |
Fonte/Imprenta: |
Plant Systematics and Evolution, New York v. 300, p.1649-1661, feb. 2014. |
DOI: |
10.1007/s00606-014-09903 |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
The use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies. MenosThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the st... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Café canéfora; Café conilon; Codominant markers; Coffee; Diversidade genética; Dominant markers Germplasm; Marcadores dominantes; SSR STRUCTURE. |
Thesagro: |
Café; Coffea Canephora; Marcador molecular. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/123456789/3664/1/the-effects-enconding-ferrao.pdf
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Marc: |
LEADER 02777naa a2200337 a 4500 001 1021517 005 2019-08-08 008 2014 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1007/s00606-014-09903$2DOI 100 1 $aFERRÃO, L. F. V. 245 $aThe effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers.$h[electronic resource] 260 $c2014 520 $aThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies. 650 $aCafé 650 $aCoffea Canephora 650 $aMarcador molecular 653 $aCafé canéfora 653 $aCafé conilon 653 $aCodominant markers 653 $aCoffee 653 $aDiversidade genética 653 $aDominant markers Germplasm 653 $aMarcadores dominantes 653 $aSSR STRUCTURE 700 1 $aCAIXETA, E. T. 700 1 $aCRUZ, C. D. 700 1 $aSOUZA, F. de F. 700 1 $aFERRÃO, M. A. G. 700 1 $aZAMBOLIM, Z. 700 1 $aSAKIYAMA, N. S. 773 $tPlant Systematics and Evolution, New York$gv. 300, p.1649-1661, feb. 2014.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Registros recuperados : 19 | |
1. |  | GONÇALVES, D. da C.; GONÇALVES, D. C.; CRESPO, A. M.; FERREIRA, C. C.; CARRIÇO, I. G. Da H.; SOUZA, M. N.; RIBEIRO, W. R. A agroecologia como ferramenta ao fortalecimento da agricultura familiar. In: ENCONTRO LATINO-AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 23.; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE PÓS GRADUAÇÃO, 19.; ENCONTRO NACIONAL DE INICIAÇÃO À DOCÊNCIA, 9., 2018, Urbanova. O local frente ao global: pesquisa, ciência e os povos indígenas do Brasil . São José dos Campos: UNIVAP, 2019.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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2. |  | SOUZA, F. L.; LAZZARINI, A. L.; PAULA, E. de.; EGIDIO, L. S.; FERRARI, G. M.; NOVAES, C. A. de; NOVAES, G. A. de; CRESPO, A. M.; SOUZA, M. N. Abordagem gerencial para o desenvolvimento da agricultura familiar com base no sistema de produção agroecológica. In: SOUZA, M. N. (Org.) Tópicos em recuperação de áreas degradadas. Vol. VI. Canoas, RS: Mérida Publishers, cap. 9, p. p. 245-275, 2023.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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3. |  | MONTEIRO, R. J.; OLIVEIRA, K. P. de.; LOUBACK, G. C.; CRESPO, A. M.; PERON, I. B.; FIGUEIREDO, J. S. M.; ARAUJO, O. P.; SOUZA, M. N. Ações de proteção do solo: mitigação de impactos ambientais no meio rural. In: SOUZA, Mauricio Novaes (Org.). Tópicos em recuperação de áreas degradadas, v. 5. Canoas, RS: Méricadas Publishers, 2023. Cap. 2Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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4. |  | XAVIERA, S. A. B.; MOREIRA, T. B. R.; CASSA, N.; CRESPO, A. M.; LOUBACK, G. C.; PERON, I. B.; VARDIERO, L. G. G.; SOUZA, M. N. Agroecologia aplicada aos procedimentos de recuperação de áreas degradadas. SOUZA, Mauricio Novaes (Org.). Tópicos em recuperação de áreas degradadas, v. 5. Canoas, RS: Méricadas Publishers, 2023. Cap. 3.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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5. |  | FONSECA, R. A.; SOUZA, M. N.; MENDONÇA, P. P.; MOURA NETO, H.; MOREIRA, C. G.; PASCHOA, J. C. V. da; CRESPO, A. M.; LOUBACK, G. C. Aquicultura: Impactos ambientais negativos e a mitigação com práticas agroecológicas. in: Tópicos em recuperação de áreas degradadas [recurso eletrônico]. Mauricio Novaes de Souza. Canoas, RS: Méridas Publishers, cap. 2p.58-72, 2021.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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8. |  | FIGUEIREDO, J. S. M.; LOPES, A. C.; NOVAES, G. A. de.; PINTO, G. P.; COSTA, A. L.; BIGHI, A. R.; NOVAES, C. A. de.; CRESPO, A. M.; NASCIMENTO, P. de O.; PAULA, E. de.; SOUZA, M. N. Cooperativismo e associativismo : importância para a sustentabilidade da agricultura familiar. In: Souza, Mauricio Novaes (org.). Tópicos Em Gestão Ambiental v. 2. Canoas, RS: Merida Publishers, 2024 Cap. 10, p. 252-279Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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9. |  | RODRIGUES, D. D.; MARIANO, S. R.; SILVA, M. A. B. da; RANGEL, O. J. P.; CARVALHO, C. S.; TRUGILHO, G. A.; SILVA, M. A. P. da; GONÇALVES, M. M.; EGIDIO, L. S.; XAVIER, S. A. B.; CASSA, N.; CRESPO, A. M.; LOUBACK, G. C.; PERON, I. B.; SOUZA, M. N. Estratégias de recuperação de áreas degradadas. In: SOUZA, M. N. (Org.) Tópicos em recuperação de áreas degradadas. Vol. VI. Canoas, RS: Mérida Publishers, cap. 3, p. 94-125, 2023.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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10. |  | SOUZA, M. N.; MEDEIROS NETO, J.; MONTEIRO, R. J.; VIÇOSI, D. B.; LEAL, V. M.; SANTOS JÚNIOR, A. C.; NOVAES, C. A. de.; NOVAES, G. A. de; PINHEIRO, A. C. M.; CRESPO, A. M.; NASCIMENTO, P. de O. Extensão rural - acesso à informação e ao livre mercado. In: SOUZA, M. N. (Org.) Tópicos em recuperação de áreas degradadas. Vol. VI. Canoas, RS: Mérida Publishers, cap. 10, p. 276-313, 2023.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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12. |  | CRESPO, A. M.; GONÇALVES, D. da C.; SOUZA, M. N.; ZANÚNCIO JUNIOR, J. S.; COSTA, H.; FAVARATO, L. F.; RANGEL, O. J. P.; ARAÚJO, J. B. S. Manejo da lagarta-do-cartucho do milho (Spodoptera frugiperda): panorama geral das atualizações no controle alternativo. Alegre, ES : IFES Alegre, 2021. 20 p. (IFES Alegre. Boletim Técnico, 06).Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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13. |  | OLIVEIRA, F. S. de.; DESTEFANI, J. D.; TAVARES, L. R.; PASCHOA, J. C. da; CRESPO, A. M.; ARAUJO, O. P.; PEIXOTO, P. M. C.; SIQUEIRA, C. B.; CORTAT, L. H.; SOUZA, M. N. Microrganismos simbiontes: fixação biológica de nitrogênio e recuperação de pastagens degradadas In: SOUZA, Mauricio Novaes (Org.). Tópicos em recuperação de áreas degradadas, v. 2. Canoas, RS: Méricadas Publishers, 2021.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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15. |  | SOUZA, M. N.; NASCIMENTO, P. de O.; MONTEIRO, R. J.; TRUGILHO, G. A.; MOREIRA, M. F.; LOUBACK, G. C.; CRESPO, A. M.; PERON, I. B.; COSTA, W. M. da; FIGUEIREDO, J. S. Revegetação, matéria orgânica e a sustentabilidade nos procedimentos de recuperação de solos degradados. In: SOUZA, M. N. (Org.) Tópicos em recuperação de áreas degradadas. Vol. VI. Canoas, RS: Mérida Publishers, cap. 2, p. 72-93, 2023.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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16. |  | SILVA, J. M. V. de O. da; SOUZA, M. N.; RANGEL, O. J. P.; FORNAZIER, M. L.; LOUBACK, G. C.; PIROVANI, G.; CAON, B. L.; MOREIRA, M. F.; SIQUEIRA, C. B.; TRUGILHO, G. A.; KAULZ, M.; CRESPO, A. M.; GOMES, A. L. C.; GALL, M. V. C.; PINHEIRO, A. C. M.; GUERRA, A. C. M.; PERON, I. B. Sistemas agroflorestais e consórcios na cultura do café. In: SOUZA, Mauricio Novaes (Org.). Tópicos em recuperação de áreas degradadas, v. 4. Canoas, RS: Méricadas Publishers, 2022.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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17. |  | CRESPO, A. M.; SOUZA, M. N.; FAVARATO, L. F.; GUARÇONI, R. G.; ARAÚJO, J. B. S.; RANGEL, O. J. P.; SOUZA, J. L. de. Survey of the floristic composition and the structure of spontaneous vegetation present at green corn cultivated in organic no-tillage system. IJAERS, v. 7, n. 11, p. 184-193, nov. 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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18. |  | CRESPO, A. M.; SOUZA, M. N.; FAVARATO, L. F.; GUARÇONI, R. G.; ARAÚJO, J. B. S.; RANGEL, O. J. P.; SOUZA, J. L. de.; GONÇALVES, D. da C. The green corn development and yield on different summer soil covering plants in the organic no-tillage system. International Journal of Advanced Engineering Research and Science, v. 9, p. 3, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
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19. |  | RODRIGUES, D. D.; SOUZA, M. N.; MEIRA, A. C. H.; SOUZA, M. A. A. da S.; CRESPO, A. M.; LOUBACK, G. C. Transição agroecológica: intervenções necessárias e suas externalidades. In: RANGEL, Otacilio José Passos (Org.) ... et al. Tópicos em agroecologia, v. II. Alegre, ES: IFES, 2020, 450p. Cap. 1.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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