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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
08/08/2019 |
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Data da última atualização: |
08/08/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRÃO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
Luís Felipe V. Ferrão, UFV; Eveline T. Caixeta, Embrapa Cafe; Cosme D. Cruz, UFV; Flávio F. de Souza, Embrapa Rondônia; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Laércio Zambolim, UFV; Ney S. Sakiyama, UFV. |
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Título: |
The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Systematics and Evolution, New York v. 300, p.1649-1661, feb. 2014. |
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DOI: |
10.1007/s00606-014-09903 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
The use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies. MenosThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm e... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Café canéfora; Café conilon; Codominant markers; Coffee; Diversidade genética; Dominant markers Germplasm; Marcadores dominantes; SSR STRUCTURE. |
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Thesagro: |
Café; Coffea Canephora; Marcador molecular. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/123456789/3664/1/the-effects-enconding-ferrao.pdf
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Marc: |
LEADER 02845naa a2200337 a 4500
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520 $aThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
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Origem |
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Registro |
Volume |
Status |
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| Registros recuperados : 481 | |
| 241. |  | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; FONSECA, A. F. A. da.; VERDIN FILHO, A. C.; SENRA, J. F. de B.; COMÉRIO, M.; FERRÃO, L. M. V. Conquista, cultivar de café conilon propagada por sementes para o Estado do Espírito Santo. In: CONGRESSO CAPIXABA DE PESQUISA AGROPECUÁRIA, 1., Vitória, ES. Anais 2021 : congresso capixaba de pesquisa agropecuária [recurso eletrônico]. Vitória, ES: Incaper, 2021. color. PDF ; 25,4 MB. E-book, no formato PDF. (Incaper, Documentos, 289). Pedro Luís Pereira Teixeira de Carvalho, Carlos Henrique Rodrigues de Oliveira, José Aires Ventura, Marcos Vinicius Winckler Caldeira e Romário Gava Ferrão, editores. p. 127| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 242. | | FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRÃO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. Plant Systematics and Evolution, New York v. 300, p.1649-1661, feb. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 243. | | SILVA, V. A.; ANTUNES, W. C.; GUIMARÃES, B. L. S.; PAIVA, R. M. C.; SILVA, V. de F.; FERRÃO, M. A. G.; DAMATTA, F. M.; LOUREIRO, M. E. Resposta fisiológica de clone de café Conilon sensível à deficiência hídrica enxertado em porta-enxerto tolerante. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília v.45, n.5, p.457-464, maio. 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 244. | | VERDIN FILHO, A. C.; COSTA, A. M. de S.; SOARES, K. L.; SILVEIRA, L. de S.; PEREIRA, L. L.; OSÓRIO, V. M.; FRONZA, M.; SCHERER, R. Influence of maturation and roasting on the quality and chemical composition of new conilon coffee cultivar by chemometrics. Influência da maturação e torra na qualidade e composição quÃÂÂÂmica de nova cultivar de café conilon por meio de quimiometria. Food Research International, Volume 176, January 2024, 113791.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 245. | | FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S. Avanços no melhoramento genético do café Conilon. In: SEMINÁRIO PARA A SUSTENTABILIDADE DA CAFEICULTURA., 1, 2008, Alegre-ES. Seminário para a sustentabilidade da cafeicultura. Alegre-ES : UFES, p. 99-110, 2008.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 246. | | GALOTE, J. K. B.; SOUZA, E. F. de; CAMPOSTRINI, E.; DOUSSEAU, S.; ARANTES, L. de O.; MACHADO FILHO, J. A. Desenvolvimento de sensor de fluxo de seiva de baixo custo. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 3. , Vitória, ES. Desenvolvimento de sensor de fluxo de seiva de baixo custo. Editores, Andréa Ferreira da Costa, Marlon Dutra Degli Esposti e Renato Corrêa Taques. Vitória, ES : Incaper, p. 43, 2024. p. 43| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 247. | | BOSCHETTI, J. C. L.; SOARES, K. L.; CARVALHO, G. R.; VERDIN FILHO, A. C.; TON, A. M. M.; PEREIRA, T. de M. C.; SCHERER, R. O consumo de café conilon rico em CGAs melhora a cognição e reduz o estresse oxidativo em idosos com doença de Alzheimer: um estudo piloto. Journal of Alzheimer's Disease , vol. 97, p. 1-8, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 248. | | FONSECA, A. F. A. da.; VERDIN FILHO, A. C.; RONCHI, C. P.; VOLPI, P. S.; LANI, J. A.; GUARÇONI M., A.; FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G. Manejo da cultura do café Conilon : plantio, espaçamento, podas e desbrotas. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. 2 ed. atual. ampli. Vitória, ES: Incaper, p. 275-301, 2017.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 249. | | FORNACIERI, G.; BORGHI, E. J. A.; LEITE, M. V.; AGUIAR, R. L.; HOLTZ, A. M.; VERDIN FILHO, A. C.; COMÉRIO, M.; CARVALHO, J. R. de.; XAVIER, A. S.; BORGHI NETO, V.; ASSIS, C. H. B. de Survey of potentially host weeds of Planococcus spp. in coffee crops. International Journal of Advanced Engineering Research and Science, v.7, n. 5, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 250. | | VERDAM, G. M.; ESPOSTI, M. D.; SENRA, J. F. de B.; GUARÇONI M., A.; RAIMUNDO, E. G.; PRAVATO, L. G. M. Uso de resÃduo orgânico e mineral na produção de mudas de café conilon. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 3. , Vitória, ES. Uso de resÃduo orgânico e mineral na produção de mudas de café conilon. Editores, Andréa Ferreira da Costa, Marlon Dutra Degli Esposti e Renato Corrêa Taques. Vitória, ES : Incaper, p. 40, 2024. p. 40| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 251. | | FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; MARQUES, E. M. G.; ZUCATELLI, F. Café conilon: técnicas de produção com variedades melhoradas. 3 ed. Vitória, ES: Incaper, 2007. (Incaper. Circular Técnica, 03-I).| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 252. | | FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; MUNER, L. H. de.; LANI, J. A.; PREZOTTI, L. C.; VENTURA, J. A.; MARTINS, D. dos S.; MAURI, A. L.; MARQUES, E. M. G.; ZUCATELI, F. Café conilon: técnicas de produção com variedades melhoradas. 4 ed. Vitória, ES: Incaper, 2012. 73 (Incaper. Circular Técnica, 03-I).| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha; Santa Teresa; São Gabriel da Palha. |
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| 253. | | LANI, J. A.; PREZOTTI, L. C.; BRAGANÇA, S. M. Cafeeiro. In: PREZOTTI, L. C.; GOMES, J. A.; DADALTO, G. G.; OLIVEIRA, J. A. (Ed.). Manual de recomendação de calagem e adubação para o Estado do Espírito Santo : 5ª aproximação. Vitória, ES : SEEA; Incaper; CEDAGRO, 2007 . p. 111-118| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 254. | | ZANUNCIO, C. S. D.; GUARÇONI M., A. Banco de dados destinado ao desenvolvimento de estratégias nutricionais inovadoras para o incremento na produtividade e na qualidade sensorial dos Cafés Conilon e Arábica. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 2., 2022, Vitória, ES. Banco de dados destinado ao desenvolvimento de estratégias nutricionais inovadoras para o incremento na produtividade e na qualidade sensorial dos Cafés Conilon e Arábica. Editores, Andréa Ferreira da Costa... [et al]., Vitória, ES : Incaper, 2023. Anais... Vitória, ES : Incaper, p. 31, 2023. p. 31| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 255. | | BERTONI, R. T.; GALEANO, E. A. V.; KROHLING, C. A. Evolução dos preços do café no Espírito Santo. In: SIMPÓSIO INCAPER PESQUISA, 2., 2022, Vitória, ES. Evolução dos preços do café no Espírito Santo. Editores, Andréa Ferreira da Costa... [et al]., Vitória, ES : Incaper, 2023. Anais... Vitória, ES : Incaper, p. 28, 2023. p. 28| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 256. | | CULTIVARES de café Conilon para o Espírito Santo. Vitória, ES: Incaper/GTTC, 2020. Vídeo (1 h 25 m e 10 seg.) : son., color. Equipe: João Felipe Brites Senra, extensionista do Incaper. Maria Amélia Gava Ferrão, pesquisadora da Embrapa e Paulo Sérgio Volpi, pesquisador do Incaper. Webinar.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 259. | | FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; MUNER, L. H. de.; LANI, J. A.; PREZOTTI, L. C.; VENTURA, J. A.; MARTINS, D. dos S.; MAURI, A. L.; MARQUES, E. M. G.; ZUCATELI, F. Café conilon : técnicas de producción con variedades mejoradas. 4 ed. Vitória, ES: Incaper, 2012. 76 (Incaper. Circular Técnica, 03-I).| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha; São Gabriel da Palha. |
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| 260. | | FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; RIVA-SOUZA, E. M.; VICENTINI, V. B.; PESTANA, D. F. Autoincompatibilidade e produção sustentável do café Conilon. In: TOMAZ, M. A.; AMARAL, J. F. T. do.; JESUS JUNIOR, W. C. de.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; MARTINS, L. D.; RODRIGUES, W. N. (Org.). Inovação, difusão e integração : bases para a sustentabilidade da cafeicultura. Alegre, ES : CAUFES, 2012. p. 107-121| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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