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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
08/08/2019 |
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Data da última atualização: |
08/08/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRÃO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
Luís Felipe V. Ferrão, UFV; Eveline T. Caixeta, Embrapa Cafe; Cosme D. Cruz, UFV; Flávio F. de Souza, Embrapa Rondônia; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Laércio Zambolim, UFV; Ney S. Sakiyama, UFV. |
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Título: |
The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Systematics and Evolution, New York v. 300, p.1649-1661, feb. 2014. |
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DOI: |
10.1007/s00606-014-09903 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
The use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies. MenosThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the st... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Café canéfora; Café conilon; Codominant markers; Coffee; Diversidade genética; Dominant markers Germplasm; Marcadores dominantes; SSR STRUCTURE. |
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Thesagro: |
Café; Coffea Canephora; Marcador molecular. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/123456789/3664/1/the-effects-enconding-ferrao.pdf
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Marc: |
LEADER 02777naa a2200337 a 4500
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
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Origem |
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Registro |
Volume |
Status |
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| Registros recuperados : 378 | |
| 141. |  | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; PACOVA, B. E. V.; FERRÃO, L. F. V. Coffea canephora breeding In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Conilon Coffee. 3 edition updated and expanded Vitória, ES : Incaper, 2019. Cap. 6, p. 145-201. Translated from: Café Conilon, 2017 - Incaper. English translation: Marcele Gualda Pasolini.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 143. | | SILVA, J. de S. e.; VERDIN FILHO, A. C.; MORELI, A. P.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S. Colheita e pós-colheita do café Conilon. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. 2 ed. atual. ampli. Vitória, ES: Incaper, p. 495-507, 2017.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 144. | | ROCHA, A. C. da.; FORNAZIER, M. J.; COSTA, H.; PREZOTTI, L. C.; BOREL, R. M. A.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da. Colheita seletiva de café arábica em região de altitude do Estado do Espírito Santo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 34., 2008, Caxambu. Trabalhos apresentados... Brasília, MAPA/PROCAFÉ: Embrapa Café; Lavras: UFLA; UBERABA: UNIUBE; Varginha: Fundação Procafé, 2008. 408 p.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 146. | | FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; MORELI, A. P.; RIVA-SOUZA, E. M.; GUARÇONI, R. G.; CALIMAN, L. F. Comportamento do café arábica em diferentes densidades de plantio no Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 147. | | FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; CRUZ, C. D.; CECON, P. R.; CARNEIRO, P. C. S.; FERREIRA, A.; SILVA, M. F. da. Comportamento de clones de café conilon em dois macroambientes da região Norte do Estado do Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007. 5p.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 148. | | FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; DA MATTA, F. M.; GUARÇONI, R. G. Comportamento de clones promissores de café 'Conilon' em condição de déficit hídrico e irrigação. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 149. | | FERRÃO, M. A. G.; SILVEIRA, J. S. M.; FERRÃO, R. G.; HUNEDA, S. H.; MENDONÇA, L. F. de.; MARQUES, E. M. G. Comportamento de materiais genéticos de feijão avaliados para seca no Estado do Espírito Santo. In: SEMINÁRIO DE EXTENSÃO E PESQUISA DO ES, 1., 1999, Vitória. Anais. Vitória, ES: UFES, 1999. p. 72.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 150. | | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; FONSECA, A. F. A. da.; COMÉRIO, M.; SENRA, J. F. de B. Comportamento e a variabilidade genética entre clones de café conilon em ambientes representativos e não irrigados do Espírito Santo. Multi-Science Research v. 5, n. 2, p. 6-21, 2022. Título em inglês: Behavior and genetic variability among conilon coffee clones in representative and non-irrigated environments of Espírito Santo.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 151. | | FONSECA, A. F. A. da.; SALVA, T. de J. G.; FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; GUARÇONI, R. G. Composição química de café conilon (Coffea canephora). In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 152. | | VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; TRISTÃO, F. A.; COMÉRIO, M.; VIÇOSI, D. B. Condução inicial de plantas com diferentes densidades de hastes em cafeeiro arábica para regiões montanhosas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 42., 2016, Serra Negra, SP. Produzir mais café, com economia, só com boa tecnologia. Trabalhos apresentados... Serra Negra: Fundação Procafé, 2016.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 153. | | SILVA, J. de S.; VERDIN FILHO, A. C.; MORELI, A. P.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S. Conilon coffee harvesting and post-harvesting. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Conilon Coffee. 3 edition updated and expanded Vitória, ES : Incaper, 2019. Cap. 20, p. 611-627. Translated from: Café Conilon, 2017 - Incaper. English translation: Marcele Gualda Pasolini.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 154. | | FIALHO, G. S.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; OLIVOTO, T.; NARDINO, M.; REIS, E. F. dos; SAKIYAMA, N. S. Conilon coffee outturn index: a precise alternative for estimating grain yield. Acta Scientiarum. Agronomy v. 44, e54249, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 155. | | VERDIN FILHO, A. C.; TOMAZ, M. A.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; RODRIGUES, W. N. Conilon coffee yeld using the programmed pruning cycle and different cultivation densities. Coffee Science, Lavras, v. 9, n. 4, p. 489 - 494, out./dez. 2014. 6 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 158. | | FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; ZUCATELI, F. 'Conilon Vitória - Incaper 8142' : improved Coffea canephora var. kouillou clone cultivar for the state of Espírito Santo. Crop Breeding and Applied Biotechnology, Viçosa, MG, v. 4, n. 4, p. 503-505, Dec. 2004. Cultivar release.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: - - - |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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