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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
04/07/2018 |
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Data da última atualização: |
12/04/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; CARBONETTO, P.; STEPHENS, M.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
Luis Felipe Ventorim Ferrão, ESALQ; Romário Gava Ferrão, Incaper; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Aymbiré Francisco Almeida da Fonseca, Incaper/Embrapa Café; Peter Carbonetto, Research Computing Center, University of Chicago; Matthew Stephens, Research Computing Center, University of Chicago; Antonio Augusto Franco Garcia, ESALQ. |
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Título: |
Accurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Heredity, june 2018. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Genomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee. MenosGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cafe conilon. |
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Thesaurus NAL: |
Coffea canephora; Genomic. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/item/4674/1/s41437-018-0105-y.pdf
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Marc: |
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520 $aGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
Fechar
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| Registros recuperados : 376 | |
| 121. |  | FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; SILVA, A. E. S. da.; MUNER, L. H. de.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S. Jardins clonais de café conilon : técnicas para a formação e condução. Vitória, ES: Incaper, 2004. 53 p. (Incaper. Circular Técnica, 04-I).| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha; São Gabriel da Palha. |
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| 122. | | FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; SILVA, A. E. S. da.; DE MUNER, L. H.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S. Jardins clonais de café Conilon : técnicas para a formação e condução. 2 ed. Vitória, ES: Incaper, 2005. 55 p. (Incaper. Circular Técnica, 04-I).| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha; Santa Teresa. |
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| 123. | | FONSECA, A. F. A. da.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; MAURI, A. L.; FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; DOUSSEAU, S.; POSSE, S. C. P. Jardins clonais, produção de sementes e mudas de café Conilon. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. 2 ed. atual. ampli. Vitória, ES: Incaper, p. 243-273, 2017.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 124. | | FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; BITTENCOURT, M. L. C. Jardins clonais, produção de sementes e mudas. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; BRAGANÇA, S. M.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. Vitória: Incaper, 2007. 226-255 p.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 125. | | DE MUNER, L. H.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; SILVA, A. E. S. da.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S. Jardins clonais da variedade Conilon Vitória. In: SIMPÓSIO INTERNO DE PESQUISA, DESENVOLVIMENTO E INOVAÇÃO, 1., 2004, Vitória. Resumo das ações de pesquisa, desenvolvimento e inovações tecnológicas. Vitória, ES : Incaper, 2005. p. 199-200. (Incaper. Documentos, 140).| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 126. | | FONSECA, A. F. A. da.; VERDIN FILHO, A. C.; RONCHI, C. P.; VOLPI, P. S.; LANI, J. A.; GUARÇONI M., A.; FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G. Management of Conilon coffee cultivation: planting, spacing, pruning and pinching. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Conilon Coffee. 3 edition updated and expanded Vitória, ES : Incaper, 2019. Cap. 11, p. 327-359. Translated from: Café Conilon, 2017 - Incaper. English translation: Marcele Gualda Pasolini.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 127. | | FORNAZIER, M. J.; BENASSI, V. L. R. M.; ARLEU, R. J.; MARTINS, D. dos S.; SOUZA, J. C. de.; FONSECA, A. F. A. da.; DE MUNER, L. H. Manejo da broca-do-café. Vitória, ES : Incaper, 2000. (Incaper. Documentos, 104).| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha; São Gabriel da Palha. |
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| 128. | | FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; LANI, J. A.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; RONCHI, C. P.; GUARÇONI M., A. Manejo da cultura do café Conilon : espaçamento, densidade de plantio e podas. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; BRAGANÇA, S. M.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. Vitória: Incaper, 2007. 256-277 p.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 129. | | FONSECA, A. F. A. da.; VERDIN FILHO, A. C.; RONCHI, C. P.; VOLPI, P. S.; LANI, J. A.; GUARÇONI M., A.; FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G. Manejo da cultura do café Conilon : plantio, espaçamento, podas e desbrotas. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. 2 ed. atual. ampli. Vitória, ES: Incaper, p. 275-301, 2017.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 130. | | VERDIN FILHO, A. C.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; FERRÃO, R. G.; VOLPI, P. S.; MAURI, A. L.; TOMAZ, M. A.; RODRIGUES, W. N. Manejo cultural : plantio e condução da lavoura. In: FONSECA, A. F. A. da.; SAKIYMA, N.; BORÉM, A. (Ed.). Café Conilon do plantio à colheita. Viçosa, MG : UFV, cap. 4, p. 70-88, 2015.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 131. | | FONSECA, A. F. A. da.; SEDIYAMA, T.; CRUZ, C. D.; SAKAYAMA, N. S.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; BRAGANÇA, S. M. Análise de repetibilidade em café conilon. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 3., 2003, Porto Seguro. Resumos... Brasília, DF: Embrapa Café, p. 214.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 132. | | FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; RIVA-SOUZA, E. M.; VICENTINI, V. B.; PESTANA, D. F. Autoincompatibilidade e produção sustentável do café Conilon. In: TOMAZ, M. A.; AMARAL, J. F. T. do.; JESUS JUNIOR, W. C. de.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; MARTINS, L. D.; RODRIGUES, W. N. (Org.). Inovação, difusão e integração : bases para a sustentabilidade da cafeicultura. Alegre, ES : CAUFES, 2012. p. 107-121| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 133. | | CONTARATO, C. C.; SOBREIRA, F. M.; MODOLO, E. P.; TOMAZ, M. A.; JESUS JUNIOR, W. C. de; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G. Avaliação do desenvolvimento de clones de café que compõem a variedade Conilon Vitória. VII Encontro Latino-Americano de Pós Graduação, 2007, São José dos Campos , SP. Anais do XI Encontro Latino-Americano de iniciação cientifica e XII Encontro Latino-Americano de Pós Graduação. São José dos Campos , SP: UNIVAP - Universidade do Vale do ParaÃÂba, p. 1-4, 2007. p. 1-4| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 134. | | MENDONÇA, R. F. de.; RODRIGUES, W. N.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; TOMAZ, M. A. Avaliação de clones de café conilon de ciclo de maturação tardio quanto a produtividade e severidade da ferrugem. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 135. | | VOLPI, P. S.; FONSECA, A. F. A. da.; COMÉRIO, M.; KAULZ, M.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; COSTA, E. B.; NUNES, W. Avaliação de diferentes tipos de condução inicial no cultivo de coffea canephora. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 42., 2016, Serra Negra, SP. Produzir mais café, com economia, só com boa tecnologia: resumos. Minas Gerais : Fundação Procafé, 2016| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 136. | | GUARÇONI, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; MORELI, A. P. Classificação por tipo do café 'Conilon' em função do tempo entre a colheita e o início da secagem e do armazenamento. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009 Não paginado.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 137. | | FONSECA, A. F. A. da.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; MAURI, A. L.; FERRÃO, R. G.; DOUSSEAU, S.; POSSE, S. C. P. Clonal gardens, seed production and Conilon coffee seedling. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Conilon Coffee. 3 edition updated and expanded Vitória, ES : Incaper, 2019. Cap. 10, p. 289-325. Translated from: Café Conilon, 2017 - Incaper. English translation: Marcele Gualda Pasolini.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 138. | | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; PACOVA, B. E. V.; FERRÃO, L. F. V. Coffea canephora breeding In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Conilon Coffee. 3 edition updated and expanded Vitória, ES : Incaper, 2019. Cap. 6, p. 145-201. Translated from: Café Conilon, 2017 - Incaper. English translation: Marcele Gualda Pasolini.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 140. | | SILVA, J. de S. e.; VERDIN FILHO, A. C.; MORELI, A. P.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; VOLPI, P. S. Colheita e pós-colheita do café Conilon. In: FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; DE MUNER, L. H. (Ed.). Café Conilon. 2 ed. atual. ampli. Vitória, ES: Incaper, p. 495-507, 2017.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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