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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
Data corrente: |
04/07/2018 |
Data da última atualização: |
12/04/2024 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; CARBONETTO, P.; STEPHENS, M.; GARCIA, A. A. F. |
Afiliação: |
Luis Felipe Ventorim Ferrão, ESALQ; Romário Gava Ferrão, Incaper; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Aymbiré Francisco Almeida da Fonseca, Incaper/Embrapa Café; Peter Carbonetto, Research Computing Center, University of Chicago; Matthew Stephens, Research Computing Center, University of Chicago; Antonio Augusto Franco Garcia, ESALQ. |
Título: |
Accurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
Heredity, june 2018. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Genomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee. MenosGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Cafe conilon. |
Thesaurus NAL: |
Coffea canephora; Genomic. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/item/4674/1/s41437-018-0105-y.pdf
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Marc: |
LEADER 02393naa a2200229 a 4500 001 1020469 005 2024-04-12 008 2018 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aFERRÃO, L. F. V. 245 $aAccurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models.$h[electronic resource] 260 $c2018 520 $aGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee. 650 $aCoffea canephora 650 $aGenomic 653 $aCafe conilon 700 1 $aFERRÃO, R. G. 700 1 $aFERRÃO, M. A. G. 700 1 $aFONSECA, A. F. A. da. 700 1 $aCARBONETTO, P. 700 1 $aSTEPHENS, M. 700 1 $aGARCIA, A. A. F. 773 $tHeredity, june 2018.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
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Registros recuperados : 1.096 | |
203. | | Café Conilon Multiplicado por Semente [gravaçao de video]. Colatina, ES: Incaper, 2018. Vídeo MP4 (4 min. e 54 seg.) : son., color. Equipe técnica: Romário Gava Ferrão, pesquisador do Incaper e Ivanildo Schimith Kuster, extensionista do Incaper. Imagens e edição: Caio Fabricius.Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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205. | | RANGEL, S. S. A. Café, territórios, relações e estruturas sociais no desenvolvimento da agricultura no Espírito Santo. In: ROCHA, S. M. S.; CHAVES, G. de L. D.; SANTOS JUNIOR, J. L. dos. (Org.). Politicas publicas, gestão social e inclusão produtiva em territórios rurais. Jundiaí, SP: Paco, p. 73-98, 2018.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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206. | | CÔGO, A.; VERDIN FILHO, A. C.; COLODETTI, T. V.; VOLPI, P. S. Características da brotação de diferentes genótipos de cafeeiro Conilon. In: ENCONTRO LATINO-AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 22.; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE PÓS GRADUAÇÃO, 18.; ENCONTRO NACIONAL DE INICIAÇÃO À DOCÊNCIA, 8., 2017, Urbanova .Patrimônio e Cultura Desafios da Ciência Frente a Identidades Plurais. São José dos Campos: UNIVAP, 2018. 5 p.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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207. | | ALIXANDRE, F. T.; SOUSA, D. G. de.; KROHLING, C. A.; FORNAZIER, M. J.; ALIXANDRE, R. D.; SOUZA, M. F. de. Caracterização da fertilidade dos solos de lavouras de café arábica no município de Brejetuba Região Serra do ES. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 44., 2018, Franca, SP. Nosso café, melhorado desde o pé: anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2018.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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208. | | ALIXANDRE, F. T.; DIAS, R. S.; SOUSA, D. G. de.; TEÓFILO, P. P.; KROHLING, C. A.; FORNAZIER, M. J.; ALIXANDRE, R.D.; FORNAZIER, M. L. Influência da fermentação induzida na qualidade final da bebida do café arábica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 44., 2018, Franca, SP. Nosso café, melhorado desde o pé: anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2018.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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209. | | VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; FERRÃO, R. G.; TOMAZ, M. A.; RODRIGUES, W. N.; COLODETTI, T. V.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; ALIXANDRE, F. T. Maior proporção de café cereja na colheita em lavouras conduzidas com a poda programada de ciclo em cafeeiro arábica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 44., 2018, Franca, SP. Nosso café, melhorado desde o pé: anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2018.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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210. | | FORNAZIER, M. J.; MARTINS, D. dos S.; PERINNI, J. L.; ZANÚNCIO JUNIOR, J. S.; GUARÇONI, R. G.; ESPÍNDULA JUNIOR, A.; FORNAZIER, D. L. Manejo da cochonilha-da-roseta em café conilon. Vitória, ES : Incaper, 2018 (Incaper. Documentos, 256).Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha; São Gabriel da Palha. |
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211. | | KROHLING, C. A.; MATIELLO, J. B.; MENDONÇA, P. L. P. Avaliação dos fungicidas BASF aplicados via camnhão atomizador no controle de doenças em café arábica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 44., 2018, Franca, SP. Nosso café, melhorado desde o pé: anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2018.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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212. | | SILVA, F. R. N.; POSSE, S. C. P.; SOUZA, G. A. R.; CORREIA, L. S.; VERDIN FILHO, A. C.; VOLPI, P. S.; COMÉRIO, M.; DOUSSEAU, S.; JAM FILHO; ARANTES, L. de O.; POSSE, R. P. Avaliação da germinação de sementes de café conilon em diferentes ciclos de maturação. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 44., 2018, Franca, SP. Nosso café, melhorado desde o pé: anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2018.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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213. | | KROHLING, C. A.; ABREU, D. P.; RODRIGUES, W. P.; CAMPOSTRINI, E. Avaliação do uso de Surround® WP na produtividade de café conilon. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 44., 2018, Franca, SP. Nosso café, melhorado desde o pé: anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2018.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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214. | | SOUZA, G. S. de.; SILVA, S. de A.; LIMA, J. S. de.; VERDIN FILHO, A. C.; INFANTINO, M. B.; KROHLING, C. A. Avanços na mecanização do cafeeiro conilon. INCAPER EM REVISTA, Vitória, v. 9, p. 31-41, jan. a dez. 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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215. | | COLODETTI, T. V.; RODRIGUES, W. N.; MARQUES, R. M.; FERREIRA, D. S.; CÔGO, A. D.; APOSTÓLICO, M. A.; MARTINS, L. D.; VERDIN FILHO, A. C.; TOMAZ, M. A. Brotação em mudas arqueadas de diferentes genótipos de cafeeiro conilon em altitude de transição. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 44., 2018, Franca, SP. Nosso café, melhorado desde o pé: anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2018.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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217. | | SOUZA, G. S. de.; LANI, J. A. Colheita possível. Cultivar Máquinas, v. 16, n. 184, p. 30-32, maio 2018. Adaptado de Souza et al (2017).Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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218. | | KROHLING, C. A.; LANI, J. A.; SOUZA, G. S. de.; APOSTÓLICO, M. A. Colheita semimecanizada de café arábica na região das montanhas capixabas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISAS CAFEEIRAS, 44., 2018, Franca, SP. Nosso café, melhorado desde o pé: anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2018.Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
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219. | | SANTOS, L. C.; CARDOSO, W. S.; GUARÇONI, R. G.; PINHEIRO, C. A.; PINHEIRO, P. F. Como produzir Conilon de qualidade? Propostas de inovação. In: PARTELLI, F. L.; MORAES, W. B. (Ed.). Café conilon : qualidade e sucessão familiar. Alegre, ES CAUFES, p. 31-47, 2018.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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220. | | PEREIRA, L. L.; CARDOSO,W. S.; GUARÇONI, R. G.; MOREIRA,T. R.; CASTRO, M. G. de; PINHEIRO, P. F.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; TEN CATEN, C. S. A complexidade de consenso entre análise sensorial, física, e-química na qualidade do café. Revista Ifes Ciência, v.4, n.2, 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
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