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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
08/08/2019 |
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Data da última atualização: |
08/08/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRÃO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
Luís Felipe V. Ferrão, UFV; Eveline T. Caixeta, Embrapa Cafe; Cosme D. Cruz, UFV; Flávio F. de Souza, Embrapa Rondônia; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Laércio Zambolim, UFV; Ney S. Sakiyama, UFV. |
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Título: |
The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Systematics and Evolution, New York v. 300, p.1649-1661, feb. 2014. |
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DOI: |
10.1007/s00606-014-09903 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
The use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies. MenosThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the st... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Café canéfora; Café conilon; Codominant markers; Coffee; Diversidade genética; Dominant markers Germplasm; Marcadores dominantes; SSR STRUCTURE. |
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Thesagro: |
Café; Coffea Canephora; Marcador molecular. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/123456789/3664/1/the-effects-enconding-ferrao.pdf
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Marc: |
LEADER 02777naa a2200337 a 4500
001 1021517
005 2019-08-08
008 2014 bl uuuu u00u1 u #d
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260 $c2014
520 $aThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 817 | |
| 721. |  | SILVA, V. A.; ABRAHÃO, J. C. de.; LIMA, L. A.; CARVALHO, G. R.; FERRÃO, M. A. G.; SALGADO, S. M. L.; VOLPATO, M. L.; BOTELHO, C. E. Selection of conilon coffee clones tolerant to pests and diseases in Minas Gerais. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 19, p. 269-276, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 722. | | MOURA, W. de M.; PEDROSA, A. W.; OLIVEIRA, R. L. de; CECON, P. R.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; VERDIN FILHO, A. C. Selection of Conilon coffee clones for the Zona da Mata region of Minas Gerais, Brazil. Coffee Science, v. 17, p. e171995, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 725. | | CAVATTE, P. C.; FERRÃO, R. G.; SILVA, A. T. da; SILVA, J. A. da Uso de índices fisiológicos para identificar clones de Coffea canephora com maior tolerância a seca: simplificando metodologias para abordar um problema complexo. In: CONGRESSO CAPIXABA DE PESQUISA AGROPECUÁRIA, 1., Vitória, ES. Anais 2021 : congresso capixaba de pesquisa agropecuária [recurso eletrônico]. Vitória, ES: Incaper, 2021. color. PDF ; 25,4 MB. E-book, no formato PDF. (Incaper, Documentos, 289). Pedro Luís Pereira Teixeira de Carvalho, Carlos Henrique Rodrigues de Oliveira, José Aires Ventura, Marcos Vinicius Winckler Caldeira e Romário Gava Ferrão, editores. p. 121| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 726. | | SILVA, D. G.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S.; FONSECA, A. F. A. da.; PEREIRA, A. A.; TEIXEIRA, T. A. Uso de marcadores RAPD no estudo de variabilidade em clones de Coffea canephora Var. conillon. IN: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 1., 2000, Poços de Caldas. Resumos Expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café/MINASPLAN, 2000| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 727. | | FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; BARBOSA, W. M.; FERRÃO, R. G. Variabilidade genética em Coffea canephora com base em marcadores RAPD. In: Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 5., 2007, Águas de Lindóia. Anais. Brasília, D.F. : Embrapa Café, 2007. 5p. Trabalho apresentado também no Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 4.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 728. | | ANDRADE NETO, A. P. M. de; BRAGANÇA, S. M.; FONSECA, A. F. A. da.; SARAIVA, J. S. T. Variedades. In: COSTA, E. B. da; SILVA, A. E. S. da; ANDRADE NETO, A. P. M. de; DAHER, F. de A. (Coord.). Manual técnico para a cultura do café no estado do Espírito Santo. Vitória, ES : Secretaria de Estado da Agricultura, p. 15-18 , 1995.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 729. | | NUNES, J. R.; ARAÚJO, E. L.; VALFRÉ, P. P.; SOUZA, J. P. M.; MIRANDA, K. S.; POSSE, S. C. P. Viabilidade de sementes de Coffea canephora, cultivar 'EMCAPER 8151' - ROBUSTA TROPICAL, armazenadas em diferentes umidades. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SEMENTES, 20., 2017, Foz do Iguaçu. Informativo Abrates, v. 27, n. 2, p. 430, 2017.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 730. | | FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; CECON, P. R.; CRUZ, C. D. Adaptabilidade e estabilidade de produção em variedades de café conilon. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 3., 2003, Porto Seguro. Resumos... Brasília, DF: Embrapa Café, p. 213. 2003.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 731. | | ALTOÉ, A.; ANDRADE, F. V.; STAUFFER, E.; POLIDORO, J. C.; PASSOS, R. R.; SATIRO, L. S. Adubação de cafeeiro conilon com fertilizante mineral misto granulado, fonte de magnésio, enxofre e micronutrientes. Coffee Science, Lavras, v. 11, n. 3, p. 335 - 345, jul-set 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 733. | | BRANDÃO, K. S.; BORGES, V. A. J. Análise e avaliação do uso de tecnologias da cafeicultura adotadas na macrorregião Norte do Estado do Espírito Santo. In: JORNADA DE INTEGRAÇÃO DO IFES, 3., 2019. JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, DESENVOLVIMENTO TECNOLÓGICO E INOVAÇÃO DO IFES, 14., 2019. SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E TECNOLÓGICA (SICT) DO INCAPER, 3., 2018 e 2019. Alegre, ES : IFES; Incaper, 2019. Resumo.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 734. | | ROMÃO, W.; CORREIA, R. M.; PEREIRA, L. L.; ARAÚJO, J. B. S.; PADOVAN, M. da P.; PARTELLI, F. L.; FILGUEIRAS, P. R.; LACERDA JR, V. Análise do café conilon cultivado em sistemas agroflorestais por análise sensorial, espectrometria de massas com ionização por electrospray e ressonância ciclotrônica de íons por transformada de fourier e espectroscopia na região do infravermelhoo próximo portátil. In: CONGRESSO CAPIXABA DE PESQUISA AGROPECUÁRIA, 1., Vitória, ES. Anais 2021 : congresso capixaba de pesquisa agropecuária [recurso eletrônico]. Vitória, ES: Incaper, 2021. color. PDF ; 25,4 MB. E-book, no formato PDF. (Incaper, Documentos, 289). Pedro Luís Pereira Teixeira de Carvalho, Carlos Henrique Rodrigues de Oliveira, José Aires Ventura, Marcos Vinicius Winckler Caldeira e Romário Gava Ferrão, editores. p. 297| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 735. | | CORREIA, R. M.; FILGUEIRAS, P. R.; LACERDA JUNIOR, V.; ROMÃO, W. Análise de cafés conilon cultivados em sistemas agroflorestais. In: ARAÚJO, J. B. S.; SIQUEIRA, H. M. de; PANDOVAN, M. da P.; SALES, E. F. (org.). Café sombreado: uma abordagem multidisciplinar. Vitória, ES : Incaper, 2024. p. 89-110. ISBN 978-85-89274-46-3. p. 89-110 Il.; Color.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 736. | | FONSECA, A. F. A. da.; SEDIYAMA, T.; CRUZ, C. D.; SAKAYAMA, N. S.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; BRAGANÇA, S. M. Análise discriminante multivariada para classificação e agrupamento de genótipos de café conilon. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 3., 2003, Porto Seguro. Resumos... Brasília, DF: Embrapa Café, p. 215.| Tipo: Publicação em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| 738. | | VERDIN FILHO, A. C.; DE MUNER, L. H.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da.; FERRÃO, M. A. G.; FORNAZIER, M. J.; VOLPI, P. S.; SILVA, J. G. F. da.; KROHLING, C. A.; COSTA, H.; MARRE, W. B.; COMÉRIO, M.; PERINNI, J. L.; SOUZA, T. da S. de. Cafeicultura sustentável: boas práticas de produção para o cafeeiro conilon no Espírito Santo. Vitória, ES: Incaper, 2023. Não paginado. (Incaper. Documentos, 304). Folder técnico.| Biblioteca(s): Biblioteca Rui Tendinha. |
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| Registros recuperados : 817 | |
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